芸薹属作物EST2SNP的发掘与分析.PDFVIP

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2017-08-13 发布于天津
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芸薹属作物EST2SNP的发掘与分析.PDF

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芸薹属作物EST2SNP的发掘与分析

植物遗传资源学报 20 10 , 11 ( 6) : 772776 Journal of P lan t Genetic R e source s 芸薹属作物 ESTSNP 的发掘与分析 1 2 1 1 1 1 李雪姣 ,张　耿 ,顾爱侠 ,轩淑欣 ,王彦华 ,赵建军 ( 1 2 ) 河北农业大学园艺学院 ,保定 07 1000; 浙江大学农业与生物技术学院作物所 ,杭州 3 10029 　　摘要 :芸薹属作物是十字花科中重要的蔬菜和油用作物 ,经济价值和食用价值比较高。本研究通过生物信息学手段 ,从 3 个芸薹属物种 EST序列中获得了大量的 SN P和 Indel资源 ,对 SN P与 EST的数量及拼接结果之间的关系、SN P碱基置换的偏好性、Indel碱基数量与发生频率之间的关系进行了分析。分析结果对深入研究芸薹属基因组特点具有一定的参考价值 ,为进一步通过试验验证预测的 SN P位点、开发该作物高通量 SN P分子标记奠定了基础。 ( ) ( ) 关键词 :芸薹属 ;序列表达标签 EST ;单核苷酸多态性 SN P ;分子标记 D etection and Ana ly sis ESTSNP in B rassica 1 2 1 1 1 1 L I Xuej iao , ZHAN G Geng , GU A ixia , XUAN Shuxin ,WAN G Yanhua , ZHAO J ianjun 1 2 ( Colleg e of H orticu ltu re, A g ricu ltu ra l Un ivers ity of H ebei, B aod ing 0 71000; Colleg e of A g ricu ltu re and B iotechnology, Z hej iang Un ivers ity, H angzhou 310029) 　　A b stract:A s one of vegetab le and o il crop s in Cruciferae, genu s B rass ica ha s h igh ly econom ic and edib le val ue s. In th is re search a number of SN P s and indels were ob tained from EST sequence s of three B rass ica sp ecie s by b io inform atic too ls. The relation sh ip between sp elling re su lts and the number of SN P and EST, p reference of nucleo tide rep lacem en t, and the relation sh ip between amoun t and frequency of nucleotide s were fu rther analyzed. The re