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PKS和NRPS基因簇的发掘
海洋稀有放线菌 Salinispora arenicola CNP193 基因组新颖
PKS 和 NRPS 基因簇的发掘
房耀维, 刘 姝, 王淑军, 吕明生, 焦豫良, 陈国强, 潘建梅, 牛 军
( , 222005)
摘要: 利用基因组发掘技术, 从海洋稀有放线菌Salinispora arenicola CNP193 基因组序列中发掘新颖
PKS 和NRPS 基因簇, 并初步预测基因簇对应产物, 为新颖聚酮化合物的发现, 基因簇的异源表达和利
用组合生物合成技术对化合物结构进行改造提供信息。在利用antiSMASH 对S. arenicola CNS 205
和S. arenicola CNP193 次级代谢产物基因簇进行预测, 并经过NRPS-PKS knowledgebase 验证的基础上,
以S. arenicola CNS 205 基因簇为对照, 初步选择新颖基因簇; 进一步用NCBI Blast 和NapDos 分析判
断基因簇的新颖性后获得 3 个新颖基因簇: 基因簇 7, 基因簇 10 和基因簇 20 。结合antiSMASH 对
基因簇核心结构的预测和与已知功能同源性基因簇, NCBI Blast 比对的同源序列, 以及NapDos 对个基
因簇中KS domain 和C domain 的进化分析等信息, 初步表明基因簇7 和基因簇20 的对应产物分别为
烯二炔类和有半胱氨酸及其他氨基酸参与合成的肽类化合物。由于基因簇 10 得到的信息较少, 不能预
测其代谢产物。
关键词: 基因簇发掘; 新颖PKS 基因簇; 新颖NRPS 基因簇; 产物预测
中图分类号: Q933 文献标识码: A 文章编号: 1000-3096(2014)12-0048-10
doi: 10.11759/hykx20131113001
, ,
[1-2] (Polyketide) [11-12]
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, ,
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