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基因芯片及其在分子生物学中的应用 摘 要 基因芯片技术的诞生是基于人类基因组计划的成果，是融微电子学、生物学、物理学、化学、计算机科学为一体的新技术。能够广泛应用于基因表达分析、突变检测、核酸多态性分析、基因测序和药物筛选等几乎所有的生物学研究领域。综述了基因芯片技术的原理、分类、制备的流程、应用、其优势及存在的问题、并对应用前景作了展望。基因芯片突变检测基因测序优势一 前言 生物芯片技术是根据分子间特异性的相互作用原理,将生命科学领域中不连续的分析过程集成于硅芯片或玻璃芯片表面的微型生物化学分析系统,以实现对细胞、蛋白质、基因及其他生物组分的准确、快速、大信息量的检测[1]。随着人类基因组计划(Human gene project, HGP)的胜利完成,已积累了大量的基因序列数据。如何利用所获得的基因组结构信息来揭示基因功能,迫切地需要先进而庞大的生物功能检测体系,基因芯片技术就是在这样的背景下应运而生的[2]。同时也是分子生物学、化学、医学、计算机、自动化等多学科相交叉的产物,已是国际上的前沿研究领域和研究热点。基因芯片技术是一种大规模平行检测生物分子的有效手段,由于其快速、微量、准确的应用优势,已成为新一代的自动化医学检验工具。作为一项高新技术,近年来得到了飞速发展，人们已经意识到基因芯片技术将对生物界乃至整个医学界的疾病诊断及治疗具有重要的意义并将产生深远的影响,并且具有广阔的市场前景[3]。 二 本论 2.1基因芯片的原理 基因芯片(gene chip, DNA chip, cDNA mi-croarray)又称DNA芯片或cDNA微矩阵(cDNA microarray), 是基于核酸探针互补杂交技术原理研制的，将大量的寡核苷酸片段按预先设计的排列方式固化在载体表面如硅片或玻片上，并以此为探针，在一定的条件下与样品中待测的靶基因片段杂交，通过检测杂交信号的强度及分布来实现对靶基因信息的快速检测和分析[4]。第一个商品化的基因芯片由Schena于1996年研制成功,即利用分子生物学技术、信息技术、微电子、基因组学及光电子等技术将已知序列的寡核苷酸探针排在特定的固相载体上构成微点阵,再将样品DNA、RNA或cDNA用同位素或荧光物标记后,与芯片上的探针进行杂交,最后通过放射自显影或荧光共聚焦显微镜扫描,利用计算机对杂交信号进行分析处理,以获得样品中有关基因序列及表达信息[5] ,这种方法可以同时检测成千上万条已知或未知基因在许多生物学样本中的表达情况[6,7]。 2.2基因芯片的分类 按其性能和用途可分为两类：毛细管型和基因探针型。按基因芯片技术主要分为两大类：(1)cDNA微点阵。(2)寡核苷酸微阵列芯片。按照基因芯片的用途可分为表达谱芯片、诊断芯片、指纹图谱芯片、测序芯片、毒理芯片等[1]。按芯片上核甘酸的长度分为寡核甘酸芯片、cDNA芯片和基因组芯片。按片基可分为无机片基和有机合成物片基。按工作原理可分为杂交型、合成型、连接型、亲和识别型等。按分析过程可分为样品制作芯片、生物化学反应芯片、检测芯片、芯片实验室[8]。根据生物芯片的特点和发展趋势，可将其分为两类。第一类为高密度分子微阵列芯片。第二类是以各种结构微阵列为基础的生物芯片，由微通道或反应池等构成的通道型微阵列及生物传感芯片[9]。 2.3基因芯片的制备 基因芯片的制备方法基本上可分为两大类:一类是原位合成,是直接在芯片上用四种核苷酸合成所需的探针；另一类是直接点样,是指将已经合成好的探针定位在芯片上。根据这些制备技术的不同可将基因芯片分为原位合成基因芯片和微矩阵基因芯片。 2.3.1原位合成基因芯片的制备 对于原位合成,有三种方法可用于寡核苷酸直接合成到矩阵支持物的确定位置上,一是光化学去保护方法,二是喷墨法,三是通过物理性的限制使其定位,比如用掩蔽物或物理屏障。此法的优点是反应产量大,探针的密度高并且可以和其他芯片制备方法结合使用；该方法的缺点是探针的长度较短,一般为2050 bp[3]； 2.3.2 微矩阵基因芯片的制备 DNA微阵列(DNA microarray),是指将许多特定的寡核苷酸片段或基因片段有规律地排列固定于支持物(如膜、硅片、陶瓷片及玻片)上,然后通过类似于Northern、Southern的方法与待测标记样品按碱基配对原则进行杂交,再通过检测系统对其进行扫描,并用相应软件对信号进行比较和检测,得到所需的大量信息,进基因的高通量、大规模、平行化、集约化的信息处理和功能研究。应用生物芯片技术进行生物分子检测的基本流程[10]:如图Ⅰ 图Ⅰ 生物芯片检测应用的基本流程图 示例步骤如下: 1)制备一种生物分子载体—基片,通常采用化学处理方法,如用戊二醛作用于氨基基片,在氨基基片表面的氨基基团(—NH2)与戊二醛分子中的一个醛基基团发生