海洋微生物连发五篇SCIENCE文章解读.docxVIP

海洋那么大，我们一起去看看（上）海洋是地球上最大的生态系统，我们却对其知之甚少，特别是生存在其中的微生物。虽然这些生物对地球生态系统的作用不比雨林的作用小，且构成了海洋食物链的基础，但由于微生物大多是肉眼无法观察到的，大部分的微生物尚未被了解。为了研究这个巨大的微生物世界，一个由40个国家组成的国际研究团队在2009年到2013年之间乘坐110英尺长的双桅船Tara，对太平洋、大西洋、印度洋等海域展开调查，在210个地点从水面到水下2000m的范围采集了35,000个研究样本，并通过基因研究等方法推测微生物的种类。研究团队结合生态学、系统生物学和海洋学来研究在生活在不同环境背景下的微生物。该项目为海洋微生物的研究产生了巨大的推动作用，诸如海洋微生物参考基因集、包含病毒原核和真核的海洋微生物多样性调查数据、一系列研究微生物之间及微生物与环境之间的互作的方法等都是海洋微生物研究的宝贵资源。近期，美国《科学》杂志电子版对这个研究进行了系列报道。下面就让我们一起来目睹海洋微生物的风采！文章一：全球海洋微生物的结构和功能微生物是地球生物化学过程的主要推动者，但描述一个全球微生物功能多样性、微生物群体结构和微生物生态维持的地图仍是一个巨大的挑战。据估算，每毫升海水中就有104至106个细胞，这么大的生物量结合其高转换率和所处的复杂环境，为海洋生物丰富的遗传多样性提供了存在的基础。近年来，宏基因组测序和分析技术快速发展，为研究海洋微生物群体遗传结构、多样性和潜在功能提供了可能。研究团队对最初的243个海洋微生物样本进行了宏基因组测序，这些样本包含了除北冰洋以外的主要海洋区域的三个不同深度的水层（SRF, surface water layer; DCM, deep chlorophyll maximum layer; MESO, mesopelagic zone）。通过整合这些数据及一些公共海洋微生物宏基因组和参考基因组数据资源，研究团队通过结合系统发育标记基因分析，组装并注释了一个包含全球微生物群体功能和分类模式的参考基因集。其中，绝大多数的基因是首次被发现的，尤其是在南极和昏暗的中层区发现的新基因占的比例大。通过基因组学与环境特性关联，研究团队得到一个推论，即在对溶氧量的影响的前提下，温度是对表层海水中微生物构成影响最大的环境因素。进一步分析，研究人员定义了一个在海洋中普遍存在，能区别变量，在稳定的核心功能中又有适应功能的关键基因集，随后，研究团队比较了不同深度的样品之间和人的肠道微生物的在该基因集上的差异。图1.（A）通过对来自68个地点的243个样本3μm以下的病毒和微生物进行宏基因组测序，组装和基因预测，鉴定出111.5M的基因编码序列，聚类到40M的参考基因上的序列26M（外源基因）（左上图）。而目前肠道微生物参考基因目录才10M（来自1,070个个体的1,267个样本）（右上图）。结合从公共资源中获得的数据，对海洋微生物的基因进行聚类注释，结果显示超过81%的基因只在本研究的样本中发现，且参考基因目录主要有细菌基因组成（左下图）。（B）样本增加与新发现基因数稀疏曲线。小图139个海洋原核样本对比相同数量人肠道微生物的稀疏曲线，发现具有更丰富的遗传多样性。（C）139个海洋原核样本中新发现的基因（红色）与能比对到已有公共数据库上的基因（蓝色）比例。图2.Tara海洋微生物样本的归类分析。三个深度水层微生物OUT水平相对丰度分析。图3.海洋微生物在不同深度水层中分布分析。（A）基于139个原核生物16S测序数据的主成份分析发现样品中微生物丰度在不同深度水层中显著分离；盒形图分析发现表层水与深层水的微生物差异显著，与中层水的差异较小。（B）20个不同地点取样分析表层水、深层水和中层水中微生物物种丰度和细胞密度，发现随着水深增加，微生物的物种丰度升高，而细胞密度降低；基因功能和丰度随深度加深而增加，而样品间的差异降低。相对于表层水的微生物，预测中层水最短微生物群体世代间隔更长。图4.海洋微生物群体纬度相关的多样性和随距递减。（A）物种丰度与温度的关系显示出随温度升高至15℃，物种丰度增加；温度继续升高则物种丰度逐渐降低。颜色表示处于不同的纬度，可以看出海水中微生物丰度最高的区域是在中纬度，而不是赤道附近。方块和圆圈分别表示样本来自于南半球和北半球。（B）样品采集点两两之间距离与微生物群结构的差异，显示样品采集点之间距离在5000 km之内时，微生物群体结构随距离增加而差异增大（只计算海洋区域的距离）。图5.环境对表层水中微生物组成的影响。（A）主成份分析发现表层水中微生物随区域聚集的趋势并不明显（上），反而随着所在地的温度而分离，第一主成份和温度之间显示强关联性（R2:0.76）.(B)运用斯皮尔曼相关系数展示环境因素之间两两比较。基