02 第二章.数据库.2010.03.11.2204课件.pptVIP

第二章 数据库;数据库（Database） ; 数据库记录通常包括两部分 ;生物信息数据库可以分为一级数据库和二级数据库: 一级数据库的数据都直接来源于实验获得的原始数据，只经过简单的归类整理和注释 二级数据库是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定目标衍生而来，是对生物学知识和信息的进一步整理。 国际上著名的一级核酸数据库有Genbank数据库、EMBL核酸库和DDBJ 库等；蛋白质序列数据库有 SWISS-PROT、PIR 等；蛋白质结构库有PDB等。国际上二级生物学数据库非常多，它们因针对不同的研究内容和需要而各具特色。 ;（一）数据库工具; AceDB 数据库工具 ;（二）各种生物数据库; 核苷酸数据库种类很多 ;国际核苷酸序列数据库合作协议（International Nucleotide Sequence Database Collaboration）收集的核苷酸来源 ;（1）GenBank / ;GenBank数据库中有部分蛋白质序列 数据每天更新，每年发行（release）六版 Release 171（2009.4.15） ;戏旱吻航劲踪休擅甲荷面圾愤淮彤揭谎仆药袒讥窗裸猿死镰篱饯至鲍处频02 第二章.数据库.2010.03.11.2204课件02 第二章.数据库.2010.03.11.2204课件;Locus name（位点名） Accession number （注册号或登陆号） GI（GenInfo identifier） NID（Nucleotide ID）;分支缩写;分支缩写;（2）dbEST (Database of Expressed Sequence Tags) /dbEST/index.html ;（3）UniGene 数据库 /UniGene/ ;（4）dbSTS (Database of Sequence Tagged Sites) /dbSTS/index.html ;（5）dbGSS (Database of Genome Survey Sequences) /dbGSS/index.html ;（6）HTGS (High-Throughput Genomic Sequences) /HTGS/ ;a;（7）基因组数据库 /entrez/query.fcgi?db=Genome ; 真核生物器官（organelles） 线粒体（mitochondria）（1779） 质体（plastids）（161） ;（8）dbSNP (Database of Single Nucleotide Polymorphisms) /SNP/ ; dbSNP主页输入关键词 ; ;（10）DDBJ (DNA Data Bank of Japan);（11）EPD (Eukaryotic Promoter Database) http://www.epd.isb-sib.ch;（12）miRBase (the home of microRNA data) http://microrna.sanger.ac.uk/sequences/index.shtml ;利用miRNA编号或关键词检索（1） ;利用染色体位置检索miRNA（2） ;检索miRNA群（cluster)（3） ;2、蛋白质数据库 ;UniProtKB/TrEMBL（原TrEMBL数据库） ;检索方法 ;数据库主页http://www.ebi.ac.uk/uniprot/ 点击“text search” ;（2）PIR (Protein Information Resource) ;（3）PRF (Protein Research Foundation) http://www.prf.or.jp/;（4）PDBSTR (Re-Organized Protein Data Bank) http://www.genome.ad.jp （日本）;（5）Prosite /prosite;3、结构数据库 ; X 射线衍射图、 核磁共振（NMR） 光谱图和电镜图（文字和三维结构图） ;Total;（2）NDB（Nucleic Acid Database） /NDB/ndb.html ;（4）SWISS-3D IMAGE http://expasy.hcuge.ch/sw3d/ ;4、酶和代谢数据库; 检索Genetic Information Processing（2）; 检索Environmental Information Processing（3）; 检索Celluar P