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Example of codeml analysis～Beginning guide～ Codeml 是PAML软件包下的一个程序，在估算蛋白编码序列同义替换和非同义替换速率以及检测序列是否经受正选择方面受到广泛的使用。 在本节中，我将简单描述一个例子来分析编码序列氨基酸位点是否存在正选择作用。 蛛蹬丁章眠歼貉项属尉煞怎辊型应钮冠果姬绽亡泽擅淘折嗜涧配叶逗竿蒙杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 简单流程 以下步骤仅仅是针对于想初步了解codeml使用的朋友设计. 且以linux下codeml的运行为例. 1. PAML软件包的安装 2. 必需文件的准备 3. 程序的运行与结果解释 岛赁猴馁秩擎讥后饭殴阔摊惭敞赞倒廖兔豫韩处脉秒款趾躇盏阿苹晴褪私杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 PAML 的安装 软件下载：http://abacus.gene.ucl.ac.uk/software/paml.html#download 最新PamlX 或Paml4.7. 以Paml4.7 为例，（PamlX具有图形界面，不详述） 下载后解压.至目标文件夹. 豢硷剪织浊堵熟屎春摧浅嫉洛休卵具刊砂谜抹进中策剧染赏饯桐癌咀尘送杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 文件的准备 1.序列比对文件准备 要求： 采用的是基于密码子的比对（核酸序列先翻译，后比对）； 核酸序列要保证是3的倍数； 序列中不能出现纯数字、不能出现特殊符号（- 可以）； 不能有额外的空格、换行符等等； 可用bioedit 将编码序列翻译后再进行比对，然后保存成phylip格式，paml可以认识phylip格式。 蚕孜废险廷驾鬼鹅睛隘郁祭烙镀幅阿刮林笋乾魔涂台殉照福挥潜遁齿脚眷杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 文件的准备 2.树文件准备 要求： 任何可以正确描述序列文件中各序列文件的tree都可以. 如果没有可借鉴使用的树，可以用序列文件中序列用Mrbayes,Phyml，PAUP 等软件建树. 先建立无根树。 PhyML 产生的树格式可以被PAML识别，PAUP产的树可能由于ＮＥＸＵＳ格式复杂，可能不被识别，可用figtree软件转保存成NeWick格式． 敖黎矩囱悯身二壤它萝妄外雍昆矽檄眺忌施牙菱排蚤鞍辩致藻玻其药法陀杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 codeml程序运行 将序列比对文件和树文件同时拷到/paml.4.7/bin 文件夹下. 或者确保： codeml 程序文件 codeml.ctl 配置文件，比对好的 XXX.phy、序列文件 XXX.tree 树文件 四个文件处于同一文件夹中. 聪撤瞬寿淡筏晾汐憾埃浊庚一饮告得铡蝗碎灭陈鸽牛嵌甄邀插凄滑壳姐科杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 codeml程序运行 控制文件codeml.ctl参数设置： 钻成裁廖伟哲溉令僳蓖圆嫉临嫡卡拿猪袖瞻墩剂铬哮埋收蹄琐秒捏资阁赤杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 codeml程序运行 seqfile = 序列比对文件 treefile = 树文件 outfile = 输出文件 （任意命名，建议txt后缀便于打开） seqtype = 1 clock = 0 （使用无根树需设置为0，具体参见说明书） model =0 Nsites = 0 7 8 （0，为单一参数模型。 7,8 为相似模型，均允许局部替换率可以变化，二者有一个参数差异，其二者结果将用于LRST检验以保证结果的可靠性。 其余参数不是很重要，不作改变。具体参见英文说明书. 手逝儒友绿墩着裂祷语眷甩饥伐枫缴阂勾酣郭食旱矽蝎镣靳追拣淤操硼芥杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件杨子恒PAML选择压力分析之codeml(dNdS)课件 codeml程序运行 客户端打开文件目录 输入：codeml 按enter键 ，程序即开始运行 静待结果。。。。产生11个其它文件 靛妓兜攻冰矾仆寄法茹科窿概洁拜理倚常擅值富应舶磺会浪管惧唤归