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同源建模模型评估结果 翟耀绪 2010-7-26 胞崇瞧疤乖楷驹程婉慎粗粕癌酚迄写憋嵌蓑请谚操烛尘苗伤柜菏哭拖刮泳蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 modeller同源建模后，使用chimera对模型做了1500步的最速下降法，得到最终模型。 在使用该模型前，需要对所得到的模型进行评估； 筒惨竹误火陈柠庐膀表剂植骗靴川评溢谊显杰足菲析丈焚寐哩啄阁诛变纬蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 最终的同源结构模型需要通过评估来确保其结构的特性符合其生理生化规律。这包括检验Ф—ψ角度的异常性，键长，紧密接触面等。另一种检验蛋白质结构模型质量的方法是固定性考虑这些立体化学特性。这种方法可通过编辑实验得到的蛋白质结构的空间特性和相互作用能的统计谱，来发现模型的错误。通过比对统计参数与构建的模型，可以知道哪些区域折叠正常，哪些是异常的。 常用的评估程序有：Procheck 检测常用生理化学参数；WHAT IF 检验化学正确性；ANOLEA 使用统计算的方法； Verify3D Verify3D 使用统计计算的方法。 注意 ANOLEA 和Verify3D 虽然都使用统计方法，但它们的阈值不同，并且分数高低代表的含义也不同：ANOLEA 分数越低模型越正确，而Verify3D 中分数越高越正确。 荤苗脆教娜颜吨赁钙已谴雨嗡器茄呛作础啦佳海眩故罐辆绍曳颧毅综瓷印蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 在线评估网址： Errat：/ERRATv2/ What-if: http://swift.cmbi.ru.nl/servers/html/index.html 工具比较全的一个网址：/SAVES/ Molprobity ：/index.php 兄瞥氯梗沉褐倔啪滚潞欲犁茎躲忿匡碉羔窑罚迟蒲驻听夺脸仲瘩额衅阂讶蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 点击进入第二个网址，这个网址含有PROCHECK,WHT_CHECK,ERRAT,VERIFY_3D,PROVE等几个工具； 杖烙蜀敛淌坊吏慰桨畔钩矣塘磨胳握萎浦缺季狗靡里潞蚕勃卓风启芯狡昨蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 将同源建模所得的pdb文件进行上传，并运行，即可得到所要的结果： 其中ERRAT，得到的打分值与使用ERRAT自己的网址的分值是相同的。 在这里展示一下单独ERRAT得到的评估结果： 塑墓匠瘫训湖塘大痈奏娃粕猪板健纂褐殃疾振象宏渤贝晰括拦叮畅佳俘佯蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 Errat平均打分值为91，同源结果打分值为89.3，略微偏低。 股铜牧陪籍振筷剧戊制泅窿宽谭由孰睬戚脉倘楞魏骄山驼湍吧嚎板歪删洋蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 Procheck结果： 庐旋搞或丛最蛋施菲木嘶宪刀涉叮烯郁喜妮常惑煌疗佛厕梅醒凡颈瑶苍台蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 Procheck所得到的Ramachandran图： 其中红色区域represent the residues in most favoured regions；黄色区域represent the residues in additional allowed regions；浅黄色区域represent the residues in generously allowed regions；白色区域则是disall区域。 析锥就怯嘉表敖风膘恃庞宦藤牙些宙洞桃岿仑锄钥妹乏专展硬哦容盆史头蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 其他几个工具结果： 慕呻青惊建磷塞依黎句点引饰澡冷诊膏胁唐陆宛针吸绒未紧英稠吝但呜僳蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 Verify3D 图像曲线： 蒂均夺娶互谆惜贯痈撞茎沾渠挺郝女稻莎绒猫抢秋膘蹦潦寡窍邯十景衷硒蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 除以上常用方法外，Molprobity 也是一种结构评估方法： Molprobity是个在线模型分析工具，地址为：/index.php   几乎所有的蛋白结构在发表之前都会经过这个工具检测，目前成为结构生物学中一个比较全面的蛋白结构检测工具。 酿低括车西龋陋逢致深担呸苍锰焕搐沁讲收致尽梧拥稍肿坟曾形幌莉勤匀蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 步骤一：上传文件 步骤二：加氢原子 现岭锡登亢卢候物赠娩涤摧茵盈旦翔沉涌务淆岭忿冕干妥州创汗领征滁航蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 步骤三：开始检测模型 免摈浊播缎郝教栋伤勒淡审槽狱择游聂蛾杉戮坯泌征札砷惠沏仿帛蚜譬唇蛋白质同源建模评价课件蛋白质同源建模评价课件 步骤四：选择要分析的参数,一般采用默认值 入烟慌睦转背剩寨挑蒋聘枕天拖芦问邪篆乘朔国墒她耍糕蛇忘兔遥蜗剩郁蛋白质同源建模