外显子捕获资料.pptxVIP

外显子捕获; 外显子 是真核生物基因的一部分，它在剪接后仍会被保存下来，并可在蛋白质生物合成过程中被表达为蛋白质。 在人类基因中大约有180,000个外显子，占人类基因组的1%，约30MB。人类基因组的蛋白编码区域大约包含85%的致病突变。 外显子测序 是指利用序列捕获技术将全基因组外显子区域DNA捕捉并富集后进行高通量测序的基因组分析方法。是一种选择基因组的编码序列的高效策略，外显子测序相对于基因组重测序成本较低，对研究已知基因的SNP、Indel等具有较大的优势。 对肿瘤基因突变检测具有显著意义，因为外显子测序容易提高深度，可以轻易达到100X、200X。 而因为外显子捕获是有偶然性的，对小片段结构变异、拷贝数变异很难检测。 ;;;KAPA Library Prep Kit SeqCap Pure Capture Bead Kit SeqCap Adapter Kit (A and/or B) KAPA HiFi HotStart ReadyMix SeqCap Hybridization and Wash Kit DNA Covaris打断仪 DNA 真空浓缩仪 金属浴 片段大小：180－220bp 测序平台：Illumina Genome Analyzer II、HiSeq 或MiSeq 测序仪 实验周期：2天;; 1 SureSelect Library Prep Kit. 2 SureSelect Target Enrichment Kit Indexing Hyb Module Box #2 3 Herculase II Fusion DNA Polymerase 4 SureSelect Target Enrichment Kit Box #1 片段大小：150-200bp 测序平台： Illumina HiSeq、 MiSeq 实验周期：2天;;TruSeq?Exome?Library?Prep?Kit ; 片段大小：150bp 实验周期：2.5天;TruSeq?Rapid Exome?Library?Prep?Kit ;优势：试剂盒包含所有流程反应 试剂，周期缩短至1.5天;;;; 数据的有效性 A：平均读136.8 million数据，匹配数据占97.4% 、97.7% 、97.6%、98.95% 筛选后有效数据占54.8%、66.0%、71.7%、40.1% B：无效读数包括：非目标区域、PCR复制出来的相同分子、同一区域重复、错配 ;随机选取50 million 数据进行分析产物覆盖率 Nimblegen、Agilent、Truseq、Nextera A：用个产品本身设计的目标区域 96.5% 、99.8%、96.9%、98.2% B：四种试剂盒所共享的数据区域 98% 、 99.8%、98.8%、99.5% 技术重复性都很好;在不同测序深度条件下 进行5-50 million数据覆 盖率分析 总体而言， Agilent覆盖率最高 Truseq 和Nimblegen相似 Nextera最差; 产物GC含量检测 随测序深度增加，高 GC含量的数据都显著降低 除了Nextera，主要原因是 转座酶打断的应用。;SNP检测 产物总变异数检测： Nimblegen 大于 Illumina 大于 Agilent 共同目标区域变异检测： Aglient 大于 illumina 大于 Nimblegen 非编码区变异检测： Illumina 大于 Nimblegen 大于 Agilent SNP与目标区域大小有关 ;Indels 检测 产物总变异数检测： Truseq 大于 Nimblegen 大于 Nexera 大于 Agilent 共同目标区域变异检测： Aglient 大于 illumina 大于 Nimblegen 非编码区变异检测： Illumina 大于 Nimblegen 大于 Agilent ;综合评价: 从目标数据广度上来说，illumina 含有更多UTRs、RefSeq、 CCDS以及 Ensembl外显 子数据，其次是NimbleGen 和 Agilent. 从产物捕获效率上来说，Agilent 大于 NimbleGen 大于 i