BlatSNP说明-BioDB-山东农业大学.PDF

BlatSNP 使用说明 BlatSNP是一个基于Blat设计的在线SNP搜索平台，这个平台中包括了60个物 种的全基因组和CDS序列，可以为用户提供相应的序列片段的SNP扫描分析。 1输入框中的序列必须以fasta格式输入，长度尽量不要超过 10,000bp。序列格 式如下： 2 上传：可以将序列以fasta文件的形式上传，上传文件尽量不要超过100K，数 据越大将需要越长的计算时间。 3 物种选择：共有60个物种，涵盖了大部分目前已经测序的物种。名称以拉丁 名显示。 4 类型选择：选择所要比对的库的类型，包括cds和genome 5 最小联配长度：选择可以搜索SNP的最小的联配片段,即如下图的片段长度： 默认值为20 gcagaggttggtatcctagaagagcctaacgaggtaggc gcagaggttggtgtcctcgaagagcacaacgaggtaggc 6Gap是不是SNP？默认值为是 gcagaggttggtatcctagaagagcctaacgaggtaggc gcagaggttggtgtcctc-aagagcacaacgaggtaggc 最大连续SNP个数：默认是为3 8 输出格式： 0-编号，物种，库片段名，库SNP位置，预测片段名称，预测片段SNP位 点 1-编号，物种，库片段名，库SNP位置，预测片段名称，预测片段SNP位 点，SNP类型 2-编号，物种，库片段名，库SNP位置，预测片段名称，预测片段SNP位 点，SNP变异方式，SNP类型 3-编号，物种，库片段名，库SNP位置，预测片段名称，预测片段SNP位 点，SNP变异方式，SNP类型，联配的库序列，联配的预测序 4-编号，物种，库片段名，库片段起点，库片段终点，库SNP位置，预测片 段名称，预测片段起点，预测片段终点，预测SNP位点，SNP变异方式，SNP 类型 5-编号，物种，库片段名，库片段起点，库片段终点，库SNP位置，预测片 段名称，预测片段起点，预测片段终点，预测SNP位点，SNP变异方式，SNP 类型，联配的库序列，联配的预测序列。 9 所有的数据会以一个tar.gz格式的压缩包的形式提供下载，结果会包括输入序 列以及SNP位点信息，同时还有一个Gbrowse动态展示。Gbrowse动态展示中， 数据分为两部分，上方的蓝色为联配到的位置，下方的红色色块为SNP位点存 在情况。同时，还会提供一个总的统计statics文本，可以用记事本打开。 10. 本平台在Perlscript界面提供了三个简单实用的Perl脚本，用于数据的预处 理以及相关应用。 注：如果您有任何意见和建议，请致函杨龙（lyang@sdau.edu.cn）。您也可以将 您所无法上传的大量数据通过邮箱获取他渠道发送给我们，我们会以最快的速度 进行处理并给您反馈结果。同时，我们的数据库中所有的序列文件均来源于网络， 请您在使用时根据需要进行相关测序文章的引用。谢谢您的合作。 山东农业大学烟草实验室 2014-5-14 于泰安