生命组学复习资料12.30.docx

生命组学复习资料（12.30） （1）通过质谱数据计算被修饰的氨基酸以及修饰类型？（郎明林） 答：计算 甲基化15 乙酰化42 磷酸化80 修饰类型 ? 加入官能团 乙酰化— 通常于蛋白质的N末端加入乙酰。 磷酸化 — 加入磷酸根至Ser、Tyr、Thr或His。 糖化— 将糖基加入Asn、羟离氨酸、Ser或Thr，形成糖蛋白。 烷基化— 加入如甲基或乙基等烷基。 甲基化 — 烷基化中常见的一种，在Lys、Arg等的侧链氨基上加入甲基。 生物素化— 主要有组蛋白的生物素酰化修饰，由羧化全酶合成酶与组蛋白直接相 互作用完成，以及生物素附加物令赖氨酸残基酰化。（只列举了6种） ? 加入其他蛋白质或肽 干扰素激活基因化 — 与干扰素激活基因15（ISG15）蛋白质建立共价键。 小泛素相关修饰化— 与小泛素相关修饰子蛋白建立共价键。 泛素化— 与泛素建立共价键。 ? 改变氨基酸的化学性质 瓜氨化— 将精氨酸转为瓜氨酸。 脱氨化— 将谷氨酰胺转为谷氨酸或将天冬酰胺转为天冬氨酸。 ? 结构改变 双硫键 — 与两个半胱氨酸的氨基酸建立共价键。 分解蛋白质— 将蛋白质的肽键剪开。 泛基因组学 答：泛基因组学：给定物种的所有基因，包括核心基因（所有个体都有）、非必须基因（某些个体有）和毒株特异性基因（个体独有），泛基因组特殊，受生态限制的机体比适应多样化生存的细菌要小。 ? 泛基因组学的应用： 构建核心基因系统进化树； 比较基因组学，最小基因集-物种生存所必需的最少基因集合，核心基因不一定是必需基因； ? 基因组、泛基因组、meta-基因组之间的关系 菌株——基因组； 种群——泛基因组； 群落——meta-基因组 根据物种的泛基因组大小与菌株数目的关系，将物种的泛基因组分为开放型泛基因组（open）和闭合型泛基因组（close）。开放型的泛基因组是指，随着测序的基因组数目的增加，物种的泛基因组大小也不断增加。闭合性的泛基因组是指，随着测序的基因组数目增加，物种的泛基因组大小增加到一定的程度后收敛于某一值。 ? 泛基因组研究意义： 核心基因揭示了一个物种生物学的基本方面和主要的表型性状，非必须基因增加物种多样性生化途径，可分析核心基因、非必须基因和毒株特异性基因的种系基因组学，对物种进行重分类，可以确定维持基本代谢必需的最少基因，可以揭示全局的基本过程如发病机理、抗药性、环境适应性和进化。 （3）SNP（曾长青） 答：SNP：不同个体间，基因组中单个碱基上的变异以及小片段的插入缺失。SNP是最常见的序列变异。 常用SNP检测技术：1、基于PCR-引物延伸。不同的dNTP带有不同的荧光标签。通量较低。2、基于探针杂交。探针在与底物结合前被化学基团修饰不能发出荧光，一旦结合上底物后相关酶会去除修饰的化学基团，从而使得探针发出荧光。通量较高。 （4） 转录偶联的GC呈梯度增加的细胞学和基因组学机制（张章） 1.禾本科中的转录偶联GC梯度 Wong, G. K. S.等人发现禾本科(单子叶)植物基因的GC content沿着转录方向逐渐下降,呈现了 GC gradient。这种趋势在双子叶植物中不存在。 这种现象可能是由转录相关的突变引起;外显子区域可以分为密码子的三个相位,其GC gradient呈现出不同的特征:即三个相位的GC content (GC1, GC2, GC3)表现为在起始密码子前,GC1、2、3呈现类似的分布;在起始密码子后,禾本科的GC1和GC3先升高,后降低,并且GC3GC1;禾本科的GC2在起始密码子后降低;禾本科的GC123在起始密码子后都呈现向基因3’方向的降低趋势;双子叶植物的GC1 GC23,不存在向3’方向的降低趋势。这种GC gradient是否在多细胞真核生物里普遍存在以及产生的机制目前尚不清楚。 2.基因内核酸组分变化与其他基因参数间的关系 1)基因内核酸组分变化与基因长度、结构、生殖细胞中的表达水平等许多基因参数有关。 2) 基因内 GC 含量从转录起始点开始沿着转录方向呈现出明显的下降梯度，在转录起始点尤为显著，甚至排除掉启动子区域的CpG 二核苷酸的影响也是如此；这种明显的下降梯度存在于温血脊椎动物（人、鼠、牛、鸡）基因中并且是保守的，而冷血脊椎动物（斑马鱼）和非脊椎动物（果蝇和线虫）基因中没有。对于植物，单子叶植物（水稻）基因的GC 含量变化趋势如同温血脊椎动物而双子叶植物（拟南芥）的GC 含量变化趋势如同冷血脊椎动物和非脊椎动物。 3) GC 含量的下降梯度可能存在于基因的所有区域，例如内含子、编码外显子和非编码外显子，只是GC 含量的变化范围不同，例如，外显子GC含量高于内含子GC 含量，编码区GC 含量高于非编码区GC 含量。这人类蛋白编码基因集的评估、看家基因的界定以及真核生物基因核酸组分变化