调控性遗传变异和基因表达量在阿尔茨海默症(AD)中的作用.pdf

复旦大学博二jj论文 调控性遗传变异及基因表达量在阿尔茨海默症(AD)中的作用 指导小组成员名单 David Saffen教授 陈莉 王浩 万方数据 复旦人学博{：论文 调控性遗传变异及基凶表达量在阿尔茨海默症(AD)中的作用 目录 l嘲料 万方数据 复旦人学博，l：论文 调控性遗传变异及基凶表达量在阿尔茨海默症(AD)中的作用 2．早发型阿尔茨海默症…………………………………………………………………．．118 3．迟发型阿尔茨海默症…………………………………………………………………一119 4．解读全基因组关联分析结果…………………………………………………………．．120 5．未来的展望……………………………………………………………………………．．122 6．总结…………………………………………………………………………………………………………………．123 参考文献……………………………………………………………………………………125 发表论文等……………………………………………………………………………………．．131 剪【{射……………………………………………………………………………………………………………………………．132 万方数据 复旦大学博士论文 调控性遗传变异及基凶表达量在阿尔茨海默症(AD)中的作用 摘要 第一部分：开发一套基于PCR和二代DNA测序技术的方法， 以测量人脑中阿尔茨海默症候选基因的等位位点特定mRNA表 达，并建立全新的数学模型以确定潜在的顺式作用eQTLs及调 控遗传变异 调节mRNA表达量的常见遗传变异可能会导致各种复杂疾病，其中就包括 阿尔茨海默症(AD)。在这一疾病中，毒性B淀粉样蛋白的过量生成会提高疾病 的发生风险。在全基因组关联分析(GWAS)中被发现与阿尔茨海默症相关的单 核苷酸多态性(SNPs)主要位于内含子或基因附近的非编码区，而非蛋白质编 码区内，这一发现暗示在这一疾病中，基因调控可能具有重要作用。尽管基于高 通量微阵列芯片的方法已经被广泛用于测量独立样本之间的mRNA表达差异， 但是如果要检测罕见的mRNAs，它们往往缺乏足够的灵敏度，而如果要检测由 基因型所导致的mRNA表达水平细微变化，它们也常常缺乏足够的准确性，因 为非遗传因素往往会造成不同个体之间mRNA表达本身就存在巨大的背景差异。 在这一章节中，主要描述了一种全新且高效的基于聚合酶链式反应(PCR) 等位基因位点，最终可以对人脑中AD候选基因的等位位点特定mRNA表达进 行分析。通过这一方法，我们成功的在52例独立的人脑样本中，针对21个AD 候选基因的，分析了其mRNA表达中出现的等位位点表达不平衡(AEI)。在这 有1／2l(5％)没有出现明显AEI现象。这些结果证明，人脑中AD候选基因的 mRNA表达普遍存在等位位点特定的差异，从而使得我们有理由推测，引起这 些基因表达差异的遗传因素完全有可能单独或一同作用，并最终导致AD的发生。 除了观察到mRNA表达普遍存在差异外，我们还注意到，如果将每例脑样 中所得到的AEI比值转换至l092水平，再按照从最负值向最正值排列，那么对 于每个基因／标记SNP组合，都会出现一种高度特异的l092AEI比值分布。基于 这些发现，我们开发出了一套数学框架模型以分析这些分布情况，并发现l092AE