揭开基因组捕获的神秘面纱.PDFVIP

揭开基因组捕获的神秘面纱 新一代测序技术之所以迷人，是因为它一次运行几天就完成了我们若干人若干年才能完成的任务。 在新一代测序的推动下，各种生物的基因组图谱纷纷出炉，一时呈现出百花齐放的繁荣景象。然而，有 些研究并不需要对全基因组进行测序，而只需对特定的基因组区域进行研究，比如外显子、SNP 区域或 与疾病相关的区域。如何高效地捕获这些区域？在07 年之前就只能依赖传统的PCR，不过大量的引物 设计、合成、实验及优化，个中艰辛可能只有做过的人才清楚。 不过，科技的魅力就在于其不断创新，生命科 NimbleGen 序列捕获芯片的原理与一般的芯 学尤其如此。在2007 年11 月，《Nature Methods》 片类似，不过据罗氏的专家介绍，探针的长度会稍 上出现了三篇文章，都是描述大基因组区域的富集 长一些。至于探针的具体信息，那就是NimbleGen 和捕获方法。其中两种是采用基于芯片的杂交捕获 的专利了，外人不得而知。捕获过程也很简单：基 方法1,2，而另一个则利用分子倒置探针来分离特异 因组DNA 被打断，然后与定制的序列捕获芯片杂 的基因组区域3 。 交，没有杂交上的片断被洗掉。富集的目标群体随 后被洗脱并扩增，再用GS FLX 进行高通量测序。 罗氏公司旗下NimbleGen 公司立刻注意到了 芯片的方法，并开始了最初的验证工作。他们设计 了一块芯片，预计能捕获6726 个基因组区域和一 系列大小在200 KB 到5 MB 的染色体区域，将片 段化和扩增的基因组 DNA 与之杂交。结果显示 65-75% 的捕获序列能与目标序列对上。于是， Roche NimbleGen 开始了序列捕获芯片的商业化 NimbleGen 序列捕获芯片的优势： 之路。 • 定向捕获基因组目标区 目前一块芯片最 经过它的不断完善和扩展，Roche NimbleGen 长可捕获5 MB 的指定基因组区域，特异性和覆盖 现在已经拥有多种标准和定制的捕获芯片，包括最 度都很高。 新推出的人外显组捕获芯片，它是基于高密度的芯 • 数据可靠 芯片上包含了对照探针，用于 片平台，内含210 万个寡核苷酸探针，能捕获18 验证系统的性能。基于已知、独特的基因座，这些 万个人编码外显子和近700 个microRNA 外显子。 目标区域提供了对照基因座富集水平的定量测定 这些全新的解决方案一步就完成富集步骤，极大地 方法。 节省了费用、人力和时间。此外，这种芯片可以量 身定制，能捕获连续或分散的基因组区域，灵活性 • 你说，我捕获 每个人感兴趣的区域都不 非常高。 一样，只要你选择出想要捕获的区域，Roche NimbleGen 就会设计并合成一块定制的序列捕获 第 15 页，共 34 页 下一页 返回 芯片。捕获区域可以是连续或非连续的基因组长片 去年Broad 研究院的研究人员曾利用生物素化的 段、全外显组或其他任何区域。 RNA 作为诱饵去捕获溶液中的DNA 靶点。后来， 安捷伦获得了此项技术的授权，并加上了质量控制 • 省钱、省时又省事 有了这块芯片，什么