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数字切片信息的高效解读 ——Aperio 图像分析软件应用举例 摘要： 数字切片的内涵不仅仅是将实物切片数字化，而是应该拓展到从数字切片中高效地采集信息， 而这就需要用到图像分析软件。徕卡公司的Aperio ePathology 包含功能强大的高精度图像分 析解决方案（Precision Image Analysis Solution ），提供细胞定量、区域定量、组织识别以及微 血管分析等一些列工具，为基于组织的研究以及生物标志物挖掘提供了强大的支持。本文将 介绍各个分析工具的应用。 正文： 数字化切片使研究人员摆脱了玻璃切片的束缚，简化了日常观察、检索、保存以及交流等流 程，因此获得了越来越广泛的使用。但是，数字切片的内涵远不止如此。切片的数字化不是 最终的目的，而从数字化切片中高效采集信息才是最终的目的。徕卡公司的 Aperio ePathology 包含了强大的图像分析软件解决方案，帮助研究人员更好地解读切片所包含的丰 富信息。 图 1：数字切片（数字病理）的完整内涵：切片数字化扫描仪，基于网络的数字切片观察、 分享及管理软件，以及图像分析软件。 每种细胞，组织，生物标志物，以及疾病过程给研究人员带来不同的问题，因此没有“一刀 切”的图像分析软件解决方案适用于基于组织的研究和生物标志物挖掘。这就是为什么徕卡 公司设计了开放式架构的高精度图像分析解决方案（Precision Image Analysis Solution），它能 与其他业界领先的合作伙伴无缝集成，以提供目前市面上最灵活和新颖的分析工具和工具包。 通过徕卡公司的Aperio ePathology ，您可以为每个工作灵活地选择最佳的分析工具。 我们的图像分析工具直观且易于使用，因此您尽可以将时间用于结果分析，而不是学习新的 软件。日常任务的自动化和批量处理可以最大限度地减少电脑前消耗的时间，从而提高生产 力。以下将对各个分析软件的应用进行介绍。 1 细胞定量软件 细胞定量软件包含细胞核、细胞膜及细胞质定量分析工具，可对细胞或细胞核进行计数，并 分析细胞核、细胞膜及细胞质的染色强度。 1.1 细胞核定量软件 细胞核定量软件分析细胞核的染色强度，可用于研究蛋白质在细胞核中的表达。图2 为利用 细胞核定量软件分析乳腺癌中雌激素受体（estrogen receptor，ER）的表达水平，软件能够 给出各个染色强度的细胞数目以及百分比等数据。 图2、苏木精和DAB （抗雌激素受体）染色的乳腺癌组织，以及细胞核定量软件的分析结果。 右侧分析结果的示意图：0 （蓝色），+1 （黄色），+2 橙色，+3 （红色）。 1.2 细胞质定量软件 细胞质定量软件可分析细胞质及细胞核的染色强度，除了研究蛋白质在细胞质中的表达外， 还非常适于研究蛋白质的转位。蛋白质的转位与信号通路、细胞增殖等密切相关，在揭示调 控机制方面具有重要的研究价值。图3 为苏木精和DAB （抗增殖相关的转录因子）染色的肿 瘤组织。利用细胞质定量软件可以分析该蛋白质在细胞核及细胞质的表达水平，同时还能给 出 H-score，平均强度，以及各个打分的细胞数目百分比等数据，在信号通路研究中具有很 好的应用。 图3：苏木精及DAB （抗增殖相关的转录因子）染色的肿瘤组织，以及细胞质定量软件的分 析结果。 2 明场区域定量软件 明场区域定量软件主要有去卷积和共定位两个工具。它可以分离一张切片上的多重染色，并 计算各个染色的强度、面积以及共定位。图4 为三重染色的小鼠胰腺组织，分别为细胞角蛋 白（红色）、胰岛素（DAB，棕色）和甲基绿复染。去卷积工具（color deconvolution analysis tool ）将三种染色分离（见图4 右侧），并定量分析DAB 染色的强度（见图4 右下角） 图4 ：三重染色的小鼠胰腺组织：细胞角蛋白（红色）、胰岛素（DAB，棕色）和甲基绿复染； 染色分离及DAB 染色强度定量分析结果，0 （蓝色），+1 （黄色），+2 橙色，+3 （红色）。 3 Genie 组织识别软件 基于病理学家或科学家提供的示例，Genie 软件可以将组织分类并计算各个类别的比例。利 用定量分析软件可以针对一个或多个类别开展后续分析。Genie 软件可以在明场和荧光切片 上使用，具有广泛的应用。 图5 为雌激素受体染色的乳腺癌切片。乳腺癌中有肿瘤细胞和基