LRRK2基因核心启动子的预测.pdfVIP

38 MedicalJournal，Jan．2013 Vo．35．No．1 ， LRRK2基因核心启动子的预测 莫晓云 肖和卫 李 丽 杨苏萍 张 国 (广西壮族 自治区人民医院科研部，南宁市 530021；E．mail：xiaoyunmo@gmail．COB) 【摘要】 目的 运用生物信息学方法对LRRK2基因的启动子区域进行预测，以指导LRRK2基因核心启动子 的克隆，为LRRK2基因的转录调控机制的研究奠定基础。方法 在数据库中查询LRRK2基因相关的序列信息， 运用多种在线软件对LRRK2基因的转录起始位点、第一个外显子和启动子进行预测，并对预测结果进行综合分 析。结果 将 LRRK2基因脑组织主要剪切本 (ENs1D000o298910，相当于NM_I98578)的启动子定位于…803 l 区间。结论 RK2基因主要剪切本 (ENS0)的启动子区间可能定位于…803 1区间。 【关键词】 帕金森病；LRRK2；启动子；生物信息学；预测 【中图分类号】 R742；R318．04 【文献标识码】A 【文章编号】0253—4340(2013)0l一0038—40 DOI：10．11675／j．issn．0253—4304．2013．01．13 PredictionofCorePromoterofLeucine-lchRepeatKinase2Gene MO Xiao—yun，XIAOHe—wei，LILi，YANGSu-ping，ZHANG Guo (DepartmentofScienceResearch，PeoplesHospitalofGuangxiZhuangAutonomousRegion，Nanning530021，China) 【Abstract】 objective Topredictthepromoterregionofleucine-richrepeatkinase2(LRRK2)genewith bioinformatics．andtodirectthecorepromoterScloneofLRRK2geneforhtebasisof researchonhtetranscriptionregulation mechanism ofLRRK2gene．Methods TheinformationonLRRK2gene—relatedsequencewassearchedinhtedatabase，and severalon—linesoftwraeswereusedtopredictthetrnascriptionalstartsite，thefirstexon，andhtepromoterregionsofLRRK2 gene．Comprehensivenaalysisoftheabovepredictedresultwasperformed．Results ENST00000298910(correspondingto NMj98578)，themajortranscriptinhtebrain，washtetargettranscript．ThebasalpromoterofLRR~／2waspredictedtobe locatedat一803／一1region．Conclusion Th ebasal promoterofLRRK2maybelocatedat 一803／一1region． 【Keywords】 ParkinsonSdisease；Leucine—richrepeatkinase2；Promoter；Bioinfomratics；Prediction 帕金森病 (ParkinsonSdisease，PD)是一种常见 1 材料与方法 的神经退行性疾病 ，目前认为随着年龄的增长，环境 因素与遗传因素的共同作用导致了PD的发病。迄 1．1 实验材料 多个公