microRNA的命名规则.pdfVIP

microRNA的命名规则 microRNA，或称miRNA，是普遍存在于生物体内的一类小分子非编码RNA， 其成熟序列长度在22nt左右 microRNA成熟序列是由Dicer酶从前体microRNA precursormiRNA pre-miRNA pre-miRNA hairpin （ 、 ）切割而成， 通常具有发夹状（ ） 二级结构 目前以miRBase数据库为依托，一套包括了microRNA前体及成熟体的完整 的命名体系已经被建立起来，了解这一命名体系有利于我们快速明确一条已知 microRNA分子的信息 由于microRNA是一类非编码的调控分子，且microRNA分子与其调控的目 标序列具有 一对多 的对应关系，很难用一种功能描述或一个蛋白质名称表示“ ” （类似于现有的基因数据库命名方式），因此microRNA 的命名是根据其发现的 时间顺序（递交数据库或发表的顺序）和其分子来源作为依据的 下面用举例的方式来对这一命名体系做一个简要的介绍，需要说明的是这些 例子并不一定代表具有某一名称的microRNA真实存在于miRBase数据库中 以下部分内容针对动物来源的microRNA，植物来源的microRNA及病毒 microRNA 的命名会在后面加以说明 以一个基本的命名为例： hsa-miR-122 前三个字符hsa表示的是该microRNA分子所属的物种（hsa表示人类，Homo sapiens），miR 是microRNA 数据库内的成熟体microRNA 标识，122则是该 microRNA所属家族成员被发现或者被提交数据库时按照顺序被给予的一个流水 号 假设在此之后又有一条新的microRNA被发现于其他物种比如小鼠，那么那 个新的microRNA就会被按照规则被命名为mmu-miR-123 microRNA的发卡结构状前体pre-miRNA在命名时中间的部分被写成小写的 mir miRBase ID MI miR miRBase ，在 里的 编号以 开头，而成熟体简写成 ，在 数据库里的ID编号以MIMAT开头。再根据其物种名称，及被发现的先后顺序 加上阿拉伯数字，如cbr-miR-42的前体是cbr-mir-42 由于不同的前体序列（pre-miRNA）或者基因组上的不同位置（genomicloci） 可以产生相同序列的成熟microRNA分子，当存在这种情况时，则在基本命名后 1/3 增加一个编号，，如hsa-miR-19b-1和hsa-miR-19b-2，其前体分别位于第13号染 色体和性染色体X 由不同前体序列产生的具有高度同源的成熟体microRNA命名时在数字后加 上英文小写字母(a,b,c,…)，如hsa-miR-12a、hsa-miR-12b等 microRNA 的前体pre-miRNA其长度大约为70~80nt，其形成发夹结构的两 个臂都可能分别产生成熟的microRNA，在这种情况下则以microRNA 的成熟体 产生于pre-microRNA 的5`端臂还是3`端臂来命名，分别加上后缀“-5p”和“-3p” asu-miR-100b-5p asu-miR-100b-3p microRNA 分别命名 如 和 ，表明这两条 分别 从asu-mir-100b前体的5’端臂和3’端臂加工而来的 1 少部分例外是在确定这一命名体系之前发现的microRNA，则保留原来名字， 如cel-let-7 植物microRNA命名与前面所说的动物microRNA命名方式略有不同，大致 如下： microRNA “MIR” “mir”