原核生物基因组DNA链组成的非对称性.pdfVIP

42 卷 　6 期 微 生 物 学 报 Vol . 42 No . 6 2002 年 12 月 Acta Microbiologica Sinica December 　2002 原核生物基因组 D NA 链组成的非对称性 包其郁 　杨焕明 ( 中国科学院遗传与发育生物学研究所 　北京华大基因研究中心　中国科学院基因组信息学中心　北京 　100101) Genome D NA Strand Compositional Asymmetry of the Prokaryotic Organism Bao Qiyu 　Yang Huanming ( Institute of Genetics and Developmental B iology ,Beij ing Genomics InstituteGenomics and B ioinf ormatics Center , Chinese Academy of Sciences ,Beij ing 100101 , China) 关键词 :原核生物 , 碱基组成 , 非对称性 中图分类号 :Q933 　　文献标识码 :A 　　文章编号 (2002) 迄今 , 已有 60 多个原核生物的基因组全序列被发表 ,我们因此有可能对它们基因组的构成有更深 入的认识 。绝大多数生物基因组 DNA 的 G 与 C 和 A 与 T 的含量相等[ 1] 。但是 ,在许多原核生物基因组 ( ) 的先导链和后随链内存在 G 与 C 或 A 与 T 分布的不对称 GC shew 或 AT shew ,原核生物 DNA 链的非对 称性表现在碱基 、密码子和基因水平 。 1 　碱基组成的非对称性( base composition asymmetry) 11 　GC 分布不对称( GC skew) [2 ] ( ) ( ) Lobry 于 1996 年通过对大肠杆菌 Escherichia coli 、枯草芽孢杆菌 B acillus subtilis 和流感嗜血杆菌 ( Haemop hilus inf luenzae) 等 3 种细菌基因组的分析 ,发现它们 DNA 链不同区域的碱基组成非对称 ,前导链 ( ) ( ) ( ) 含有较多的 G 而后随链含有较多的 C GC skew 。GC skew 的计算公式为 n GnC n G + nC ,其中 n G ( ) ( ) [3 ] nC 为一特定大小 DNA 片段 窗口 内 G 或 C 的含量 ,窗口的大小一般设为 10kb ,20kb 或 50kb 。对于