基于遗传粒子群算法的DNA编码优化.pdfVIP

第34卷 第1期 计 算 机 工 程 2008年1月 Vo1．34 No．1 Computer Engineering January 2008 · 人工智能及识别技术· 文章编号：1001)3428(2008)01--0218__ —— ——— 孬■ 基于遗传粒子群算法的DNA编码优化 许世明，张 强 (大连大学辽宁省智能信息处理重点实验室，大连 1 16622) 摘 要：DNA编码序列的设计是影响DNA计算可靠性的重要手段，该文从DNA编码设计应满足的多约束条件中选取适当的约束条件， 针对这些约束条件提出每个DNA个体应满足的评估公式，采用遗传粒子群算法解决该多目标优化问题，并在不同的约束准则下将计算得 到的序列与已有的DNA序列进行了对比。仿真结果证明了该方法的有效性。 关健诃：DNA编码；多目标优化；遗传粒子群算法 Optimization of DNA Coding Based on GA／PSO Algorithm XU Shi-ming，ZHANG Qiang (Liaoning Key Lab of Intelligent Information Processing．Dalian University,Dalian 1 16622) [Abstractl The design of DNA sequence is important in improving the reliability of DNA computation．Proper constrained terms that DNA sequence should satisfy are selected，and then the evaluation formulas of each DNA individual corresponding to the selected constrained terms are proposed．Genetic Algorithm／Particle Swarm Optimization(GA／PSO)Algorithm is presented to solve the multi—objective optimization problem． Comparison of the results with the known DNA sequences is made under different constrained criteria．An example is illustrated tO prove the efficiency of the method． [Key words]DNA coding；muti—objective optimization；Genetic Algorithm／Particle Swarm Optimization(GA／PSO)Algorithm l 概述 使用遗传算法开发了编码设计系统；文献【lO]使用模拟退火 美国南加州大学的Adleman博士于 1994年利用现代分 算法并提出了一些适应度准则；文献【11】提出了基于进化搜 子生物技术提出了哈密尔顿7个节点有向路问题的DNA分 索的方法；文献【12】基于遗传算法开发了NACST系统等。 子生物计算方法 J，并成功地在 DNA溶液的试管中进行了 DNA编码问题实质上是满足多约束条件的多目标组合 实验，成为了DNA计算发展的里程碑。DNA计算是一种模 优化问题 文献【l2】用遗传算法针对多个约束条件产生了较 拟生物分子 DNA的结构并借助于分子生物技术进行计算的 好的序列，约束条件是针对每代群体的所有个体提出的。本 新方法，它开创了