附录A：如何取得序列.pdfVIP

附錄 A ：如何取得欲分析之序列 附錄 A 　如何取得欲分析之序列 透過網路抓取序列範例： 首先，我們可以先進入NCBI 網站( /) (圖A.1) ，在 首頁 “Search”下拉式選單及“for”文字盒中選擇及輸入適當選項內容，例如 SearchNucleotide ； for cyp1A ，然後按下”Go ”按鈕進行搜尋。 A.1 NCBI 網站 此時 NCBI 會傳回如下之畫面，目前 NCBI Nucleotide database 已經分成三 個獨立資料庫，適當選擇所需內容，點選所顯示之數字進入適當資料庫並進行下 一步選擇。三個資料庫分別為 • CoreNucleotide contains all Nucleotide records that are not in EST or GSS. They are of interest to most users. • EST contains only Expressed Sequence Tag records. • GSS contains only Genome Survey Sequence records. 223 Vector NTI 教育訓練手冊 A.2 CoreNucleotide 資料庫 例如點選圖A.2 中 “81 CoreNucleotide” 之選項，可以進入更細部的選 擇，在CoreNucleotide資料庫中總共含有 81 筆相關記錄(圖A.3) ，可依使用者所需 進行點選，於此我們選擇斑馬魚 (zebrafish Danio rerio) 為範例進行說明，所以 將點選第 4 筆資料 NM_131879 (Danio rerio cytochrome P450, family 1, subfamily A (cyp1a), mRNA)並得到如下圖A.4 ： A.3 得到 81 筆斑馬魚的相關資料 224 附錄 A ：如何取得欲分析之序列 A.4 點選 NM_131879 得到的結果 可以在左上角“Display”下拉式選單中選取“FASTA” ，並得到以下僅含序列內 容的畫面資訊(A.5) 。 A.5 NM_131879FASTA 格式的資料 225 Vector NTI 教育訓練手冊 確定為所需之序列內容後，在“Display”下拉式選單右邊 “Send to” 的下拉式 選單選取“File” ，此時系統將啟動檔案下載對話視窗，按下“儲存”進行檔案 (FASTA 格式)下載。 A.6 下拉式選單，選擇 File ，進行儲存 定序序列分析範例: 實驗結果送交定序完成後，我們會從定序的公司收到兩個檔案(圖 A.7) ： 一個是序列的文字檔(如.seq 之類) ，另一個是雷射圖譜的檔案(.abI) 。這兩個 檔案需要特定的軟體才能開啟，如果沒有相關的軟體，我們可以由下列的方法取 得序列。首先我們將滑鼠移至序列文字檔上方按下滑鼠右鍵後，點選開啟 ： 226 附錄 A ：如何取得欲分析之序列 A.7 得到的兩個附檔名為 seq 及 abI 的檔案 接著點選從清單