藻类DNA条形码研究进展.PDF

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１２，３２（９）：１１３１１７ 藻类ＤＮＡ条形码研究进展  崔翠菊 　张立楠　王　娜　李晓捷　刘延岭　江　鑫 （山东东方海洋科技股份有限公司 国家海藻工程技术研究中心　烟台　２６４００３） 摘要　ＤＮＡｂａｒｃｏｄｅ，又称为ＤＮＡ条形码，是指利用短的标准ＤＮＡ序列的核苷酸多样性进行物种 的鉴定和快速识别。目前该方法在动物分类研究中应用广泛，其中线粒体的细胞色素ｃ氧化酶亚 基１（ｃｙｔｏｃｈｒｏｍｅｃｏｘｉｄａｓｅｓｕｂｕｎｉｔ１，ＣＯＩ或ｃｏｘ１）基因中的约７００ｂｐ长度的一段被用来作为标准 ＤＮＡ片段。在陆地植物条形码研究中，生命植物条形码联盟会（ＣｏｎｓｏｒｔｉｕｍｆｏｒｔｈｅＢａｒｃｏｄｅｏｆ ＬｉｆｅＰｌａｎｔＷｏｒｋｉｎｇＧｒｏｕｐ，ＣＢＯＬＰｌａｎｔＷｏｒｋｉｎｇＧｒｏｕｐ）近期推荐将植物叶绿体中的两个基因片段 ｒｂｃＬ＋ｍａｔＫ作为初步的陆生植物条形码，此组合能在７０％的程度上进行植物物种的鉴别。在海 藻的分类研究中，ＤＮＡ条形码的应用较少，已有的研究主要集中在硅藻、红藻和褐藻，尚没有学者 明确提出适合藻类的ＤＮＡ条形码。总结了能够作为藻类ＤＮＡ条形码的序列特点、应用流程及分 析方法，综述了ＤＮＡ条形码在藻类中的研究现状和存在的问题，展望了藻类ＤＮＡ条形码的应用 前景。 关键词　ＤＮＡ条形码　海藻　物种分类　ＣＯＩ 中图分类号　Ｑ９１４．８２ 　　现有的生物物种鉴定和分类方法主要以形态为基 在当时并没有引起学者们的广泛关注［２］。直到２００３ 础，地球上有数亿个物种，迄今为止，也仅有不足２００ ［３］ 年Ｈｅｂｅｒｔ等 将其应用到动物的物种鉴定研究，ＤＮＡ 万个物种被认识，物种鉴定和分类研究是一项任重而 条形码技术才逐渐走入大家的视线。动物的ＤＮＡ条 道远的任务。目前形态学分类方法有两方面的局限： 形码研究通常使用线粒体的ＣＯＩ基因，基因片段长度 第一，不同个体的形态特征受生物发育阶段和遗传可 为６４８ｂｐ，侧翼有保守序列，使其很容易扩增、测序和分 变的影响容易导致不正确的鉴定，许多群体中存在的 析。更多的研究证明，ＣＯＩ基因在种内的变异率仅为 隐存种无法只通过形态观察准确辨别；第二，分类学家 １％～２％，但在相近物种中的变异率相对较高，因此， 识别能力有限，能够正确鉴定１０００个物种的分类学家 在用其进行物种鉴定时可信度高［４］。在陆生植物中， 极少，对地球上 １亿 ～１０亿个物种而言就需要 １万 ～ Ｖｉｊａｙａｎ、ＣＢＯＬＰｌａｎｔＷｏｒｋｉｎｇＧｒｏｕｐ、闫化学、唐建阳等 ［１］ 分别对植物ＤＮＡ条形码研究进行了综述和应用前景 １０万个分类学家来支撑物种的识别体系 。形态学鉴 ［５８］ 定的局限性和不断缩减的分类学家队伍，使分类学的 预测 ，研究发现，ＣＯＩ基因的替代率很低，而且基因 发展面临巨大的挑战。 含量和结构改变很大，不适合作为植物的ＤＮＡ条形 ［５］ 　　分子生物学的发展和大量的分子数据为上述问题 码 ，而 ＣＢＯＬＰｌａｎｔＷｏｒｋｉｎｇＧｒｏｕｐ推荐将ｒｂｃＬ＋ｍａｔＫ ［６］ 提供了一个解决方法。已有的研究表明，通过分析特 两个基因片段的组合作为植物的ＤＮＡ条形码 。此 定基因片段能区别生物的多样性差异。ＤＮＡ条码（技 外，ＤＮＡ条形码技术已在病毒、细菌和原生动物类群以