生物信息与系统生物学.ppt

聚-度系数 上述数值模拟结果表明： （1）在各种参数下， 近似成立，这表明生物网络具有功能模块结构； （2）观察表明C(k)分布的幂指数随着α的增加而减少，随着β0的增加而增大； （3）我们发现当k小时， , 而k大时， 这已在实测数据中得到了证实； （4）以 网络模型所得到的数据为例，我们取前段，即k小时的数据进行线性回归分析得到 相应的幂指数为1.052，结果表明数值模拟所得结论是可靠的。 * 度-度关联 * 度-度关联 * 度-度关联 * 度-度关联 * 上述数值模拟结果表明： （1）在各种参数下 都是随着k递减的，说明网络具有度负关联性； （2）观察发现幂指数随着α增加而减少，随着γ的增加而稍微减少； （3）当k小时， , 而当k大时， 这种性质已经在实测数据中得到了证实； （4）以 网络模型所得数据为例，我们取前段，即k小时的数据进行线性回归分析得到 相应的幂指数为0.460，结果表明数值模拟所得结论是可靠的。 稀疏性和小世界性 K 4.5699 4.2731 4.0182 3.7757 3.5490 C 0.1073 0.0810 0.0620 0.0488 0.0368 L 3.8792 4.2551 4.6610 4.9493 5.3838 * 变化下网络模型的平均度，平均聚类系数，最短路径长的值 稀疏性和小世界性 K 3.9339 3.9984 4.0472 4.1060 4.1622 C 0.0382 0.0535 0.0690 0.0846 0.0947 L 4.6222 4.6502 4.5982 4.6521 4.6406 * 变化下网络模型的平均度，平均聚类系数，最短路径长的值 稀疏性和小世界性 K 3.4830 4.0472 4.6663 5.2800 5.9475 C 0.0801 0.0690 0.0610 0.0550 0.0517 L 4.7655 4.5982 4.5282 4.3982 4.2716 * 变化下网络模型的平均度，平均聚类系数，最短路径长度 稀疏性和小世界性 K C L 3.74 0.066 4.85 * 节点数为3891的酵母蛋白质相互作用网络的实测数据 结果与讨论 （1）复制是蛋白质相互作用网络进化的主要动力，所采取的偏爱小原则对网络的形成有重要的作用； （2）删边，加边和异源二聚三种变异对于蛋白质相互作用网络的统计特征的产生发挥着不同的作用； （3）网络模型的无标度性对模型参数是鲁棒的； （4）统计分析表明模型所得结果是可靠的 * * 有文献指出上述模型采取的非对称变异与生物事实不相符，故我们对上述模型进行改进，采取对称变异，即原先只对连接到新生成的节点的边以概率随机删除，现在变成对连接到复制与被复制的节点的两条边随机选取一条以概率删除。 其它步骤均保持不变，我们进行相同的数值模拟 对称性模型 * 对称性模型 （1）数值模拟结果表明度分布，聚-度系数，度-度关联的结果在定性上与非对称模型保持一致； （2）度分布，聚-度系数，度-度关联的定量结果变化不大； （3）因而对称与非对称变异不是生成生物网络特征的重要因素。 进一步考虑适应性 我们知道生物系统对环境变化有适应性，但上述模型中没有考虑外界环境对网络增长的影响，因此我们进一步考虑在模型中引进一个新的参数fitness。但由于目前阶段，无法明确fitness的具体生物含义以及它如何影响网络的增长，不失一般性，我们全面考虑以下三种情况： * （1）适应性能够促进节点的复制； （2）适应性对节点的复制没有影响； （3）适应性能够抑制节点的复制； * 具体模型过程： （1）度为 的节点以概率 被选择复制。其中 的定义如下：当节点i被选择后，则 ξ是个常数，当促进复制时，取正常数 ，