中国3个主栽烟草品种的差异蛋白质组学研究-中国农业科学.pdfVIP

中国农业科学 2016,49(16):3084-3097 Scientia Agricultura Sinica doi: 10.3864/j.issn.0578-1752.2016.16.003 中国3个主栽烟草品种的差异蛋白质组学研究 徐 莹，晏国全，张 扬，余红秀 （复旦大学生物医学研究院，上海 200032 ） 摘要：【目的】从全蛋白质组学水平研究烟草，筛选具有重要特性的蛋白质，阐明其相关代谢通路，使得烟 草的基础科学研究和品种培育工作有所突破。【方法】利用苯酚法提取中国 3 个主栽烟草品种红花大金元、K326 和云烟87叶片的蛋白质，酶解后采用串联质量标签技术（tandem mass tag，TMT）标记，结合二维液相色谱串联 质谱技术（2D LC-MS/MS）对3 个烟草品种叶片的蛋白质组成进行分析，运用Proteome Discoverer软件提取谱图 后在 MASCOT 搜索引擎上鉴定蛋白质和肽段，并对鉴定的蛋白质进行系统的生物信息学分析，包括数据相关性分 析、分层聚类分析和主成分分析，同时按照 2 倍上下调的原则采用火山图筛选不同品种烟草中表达差异显著的 蛋白质，最后利用 KEGG 通路分析烟草中重要蛋白质的分布及功能。【结果】鉴定红花大金元、K326 和云烟 87 烟草样品的蛋白质 Group 总数为 3 079，蛋白质 ID 数为 10 343。从分层聚类分析和主成分分析中蛋白质的整体 表达情况可见，K326 和云烟 87 蛋白质表达情况较相似，而红花大金元与前两者相差较大。后续的差异蛋白质 筛选也验证了该结果，表现为云烟 87 和 K326 之间仅存在 29 个差异表达的蛋白质，其中 13 个蛋白质覆盖 8 条 代谢通路，包括类黄酮生物合成，参与类黄酮合成路径的查尔酮合成酶在 K326 中的相对含量显著高于云烟 87。 红花大金元和云烟 87 之间有 160 个蛋白质差异表达，其中 103 个蛋白质覆盖 42 条代谢通路，包括谷胱甘肽代 谢，相对定量结果显示谷胱甘肽代谢途径相关的 3 种酶，谷胱甘肽过氧化物酶、磷脂过氧化氢物谷胱甘肽过氧 化物酶和谷胱甘肽 S-转移酶在红花大金元中的含量均显著低于云烟 87。红花大金元和 K326 之间存在 119 个差 异蛋白质，其中 89 个蛋白质覆盖 41 条代谢通路，包括外源物质细胞色素 P450 代谢。筛选获得的重要差异蛋白 质的相对定量结果显示一些与抗性相关的蛋白质，如蛋白酶抑制剂，在云烟 87 中的表达量远低于 K326 和红花 大金元，同时结果表明红花大金元中的超氧化物歧化酶含量处于较低水平。【结论】TMT 技术结合 2D LC-MS/MS 可对不同品种烟草的叶片蛋白质进行有效地分离和鉴定，鉴定出的蛋白质大部分是参与光合作用、物质代谢或 者与抗逆性相关。 关键词：烟草；差异蛋白质组学；串联质量标签；二维液相色谱串联质谱 Differential Proteomic Research of Three Varieties of Tobacco in China XU Ying, YAN Guo-quan, ZHANG Yang, YU Hong-xiu (Institutes of Biomedical Sciences, Fudan University, Shanghai 200032) Abstract: 【Objective 】 In order to strengthen the basic scientific research and cultivation of tobacco, differential proteomics is used to select specific proteins and elucidate metabolic pathways in tobacco. 【Method 】 Leaf proteins