生物信息学实战bioinformaticsinaction.pdf

Table of Contents Introduction 1.1 1.Linux基础 1.2 2.序列分析 1.3 2.1 序列比对 - Blast使用指南 1.3.1 2.2 序列比对 - Bowtie使用指南 1.3.2 2.3 上机任务 上机作业 1.3.3 3.RNA二级结构预测 1.4 4.组学大数据分析 1.5 4.1 Basic Analyses 1.5.1 4.2 Advanced 1.5.2 5.大数据整合 -- 机器学习和人工智能 1.6 Appendix 1.7 2 Introduction 生物信息学实战 Bioinformatics in Action 格物致知 知行合一 本书是在清华大学 《生物信息学导论》上机指南的基础上编写 。 -- 鲁志 2016年6月于清华园 大学之道 在明明德 在亲民 在止于至善 知止而后有定 定而后能静 静而后能安 安而后能虑 虑而后能得 主要教材和参考书 主教材: 《生物信息学》 （第2版）李霞 ，雷健波 ，李亦学 等 编 习题书: 《生物信息学实验教程》 吕巍 ，李滨 编 参考书 ： 生物信息 ： 1. 《Bioinformatics and Functional Genomics》 by Jonathan Pevsner 2. 《第二代测序信息处理》 [美] 布朗 （Brown S.M.）著 ；于军 主译 3 Introduction 编程相关 ： 1. Linux: 《鸟哥的Linux私房菜-基础学习篇》 ， 主要学习以下2部分 Editor (e.g. VIM) Shell Script (e.g. bash) 2. Python (or Perl) 《笨办法学 Python》 （《Learn Python The Hard Way》）online version 《Python编程入门》 / 《Beginning Perl for Bioinformatics》 3. R (or MATLAB): Quick R (online) 《R语言实战》 ( 《R in action》) 如何参与 任何问题都欢迎直接联系我们: 鲁 志 实验室 地址: 清华大学 生命科学学院 电话: 010-6278-9217 电子邮箱: lulab AT 主页: 著