《系统生物学—–建模,分析,模拟》书评-力学进展.PDF

第 卷 第 期 力 学 进 展 年 月 日 《系统生物学 建模 分析 模拟》书评 陆启韶 北京航空航天大学航空科学与工程学院 北京 生命活动属于最复杂的自然界现象 近代生 新纪元 而且能进一步预测和设计复杂的生命过 物学研究已从以实验观察为主的方式逐步发展为 程 为生物工程和医学发展提供了强有力的工具 与生命体的机理性分析密切结合 并且由生物器 雷锦誌博士从事多年的动力系统和系统生物 官组织的宏观形态和表型向生物细胞和分子的微 学的研究工作 注重问题驱动的原创思路和方法 观行为和演变进行深入探讨 随着生物科学实验 在蛋白质折叠问题、胚胎发育信号问题、造血系 技术和方法的飞速进步 人们对生物大分子、基因 统疾病、以及哈密顿动力学和微分方程可积性等 和蛋白质、生物膜的结构和功能等的研究已经积 方面做出较好的研究成果 他多次访问美国、加 累了相当丰富的知识 由于生命现象都是生物复 拿大和新加坡的著名大学 与 杂大系统的综合行为的结果 我们必须把生物系 黄克孙 和 聂青 等国际知名 统作为一个整体来研究 从系统论的角度进一步 学者保持十分密切的国际交流合作关系 根据学 探讨细胞的信息、生长、发育、分化、代谢等动态 习和科研的体会 他从 年起在清华大学开设 过程以及生物有机体的功能 而不仅把研究重点 系统生物学 课程 介绍系统生物学这门新兴学 放在单个的基因 蛋白质或者器官上 系统生物 科的研究对象和方法 现在 他又在讲稿和研究成 学就是这样一门研究生物系统的内部组分结构 果的基础上对内容进行了扩展、加工和整理 完 以及在各种内、外部条件下这些组分的相互作用 善了理论体系 在 年由上海科学技术出版社 和演化规律的学科 是生命科学的一个前沿领域 出版了专著《系统生物学 建模 分析 模拟》 目前重点是在分子层次上开展对生命现象如遗 全书的内容共包括 章 在分子生物学中 特 传基因、蛋白质、重大疾病等 的过程和机制的 别是基因调控和蛋白质相互作用等生物学过程 研究 生物化学反应 包括蛋白质蛋白质相互作 中 都可以分解为大量生物化学反应所组成的复 用、蛋白质相互作用等 和生物网络 包括 杂系统 因在生命行为中的化学反应所涉及的分 基因网、蛋白质相互作用网、信号转导网、代谢 子个数通常都非常少 反应物的碰撞概率非常小 网等 行为在其中起着重要作用 大量的系统生 加上热力学涨落的影响 使得随机性很显著 随机 物学研究对象是动态的和随机的 涉及不同的时 过程成为描述生物化学反应的重要数学手段 该 空尺度下复杂非线性动力学与控制问题 书第 章介绍生物化学反应的数学描述 包括化 显然 在生物系统的研究过程中 仅仅通过实 学主方程、化学速率方程 以及化学郎之万方程 验方法很难了解其复杂行为的 特别是动力学性 和福克普朗克方程等 作为后面建立系统生物学 质 因此建立数学模型和进行计算机模拟是十分 的各种数学模型的基础 必要的 系统生物学全面综合地运用生物实验、 从第 章到第 章将按照从小到大的尺度介 数据整合和数学建模的研究手段 一般还需要多 绍几类生物学问题 从问题出发去介绍相关的数 次反复的过程 才能取得实验结果和模型预测一 学分析方法 基因表达是生物系统的最基本过程 致的效果 系统生物学研究充分体现了生物学与 第 章主要介绍基因表达的数学描述 重点了解 数学、物理、化学、控制、计算、以及工程等领域 基因表达过程中随机性的影响 第 章介绍几种 的学科交叉 带来了生物学的许多新概念和新方 基因调控关系的数学模型的建立和分析 基因之 法 它不仅从广度和深度上开创了生物学研究的 间的相互调控