种氨基酸随机肽库的小盒式DNA编码文库的构建.PDF

中国生物工程杂志　ＣｈｉｎａＢｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，２０１２，３２（２）：６９７５ １５种氨基酸随机肽库的小盒式ＤＮＡ 编码文库的构建 １，２ ３ ２ ３ 卢明锋 　康寿凯 　张月杰 　 张红雨 （１山东师范大学生命科学学院　济南　２５００１４　２山东理工大学生命科学学院　淄博　２５５０９１） （３华中农业大学生命科学学院　武汉　４３００７０） 摘要　采用小盒式ＤＮＡ编码文库的构建策略，选取在进化上可能起源较早的１５种氨基酸，按照 其简并密码子合成了一个为１０个随机氨基酸编码的小盒式ＤＮＡ模板，经过连续３轮的ＰＣＲ扩 １２ 增、酶切及连接的小盒式文库组装过程，成功构建了一个文库容量达 １．３１×１０／ｍｌ，随机编码区 长达９７个氨基酸的小盒式ＤＮＡ编码文库。 关键词　随机肽库　简化氨基酸　小盒式文库 中图分类号　Ｑ１０；Ｑ３ 　　体外展示技术在抗体成熟，蛋白质／酶的定向进化 折叠类型以及结构和功能新颖，能够耐受极端条件的蛋 ［１］ 白质的几率将更大，对于验证蛋白质折叠类型的小分子 等方面有着得天独厚的优势 。为了能够最大限度地 ［６］ 探查蛋白质序列空间，构建文库容量高且具有长 ＯＲＦ 配体诱导／选择起源理论的意义也非常重大 。 ［２］ 的随机肽库已成为体外选择能否成功的关键 。 ［３］ １　材料与方法 　　本文按照 Ｃｈｏ等 构建高复杂度、具有长开放阅 读框合成文库的策略，经３次小盒式文库组装过程，成 １．１　材　料 功构建了一个由１５种氨基酸组成的，随机编码区约 １．１．１　小盒式ＤＮＡ编码文库模板Ｒ８的合成　Ｒ８：ＧＡ １００个氨基酸的随机肽库的小盒式 ＤＮＡ编码文库 ＣＴＡＣＡＡＡＧＡＣＧＡＣＧＡＣＧＡＴＡＡＧＡＡＧＡＣＴＶＴＣＡＧ （ＤＮＡＬｉｂｒａｒｙｉｎＳｍａｌｌＣａｓｓｅｔｔｅ）。该文库非常适合用于 Ｍ（ＶＮＭ）ＶＴＣＡＧＧＡＣＡＧＣＧＡＧＣＴＧＣＣＡＴＣＡＣＣＡＴ １０ ｍＲＮＡ展示技术、核糖体展示技术在抗体成熟，蛋白 ＣＡＣＣＡＴＣＡＣ，序列中的黑体字母分别是５′端的ＦＬＡＧ 质／酶定向进化等相关领域的研究。由于采用了一组 序列和３′端的６×Ｈｉｓ标签序列，带下划线字母分别是 合适的简并密码子合成 ＤＮＡ，避免了开放阅读框内起 限制性内切酶ＢｂｓＩ和ＢｂｖＩ的识别位点，方框中的字母 始密码子和终止密码子的出现，所以无需进行繁琐的 是酶切后产生的粘性末端，斜体字是编码随机氨基酸 预选择过程，其编码的随机肽库质量更高。 的简并密码子，其中Ｖ（ｇ，Ｃ，Ａ）、Ｎ（Ａ，Ｔ，ｇ，Ｃ）、Ｍ（Ａ， 　　众所周知，构成蛋白质的氨基酸组成决定了蛋白 Ｃ），编码Ｇ、Ａ、Ｄ、Ｖ、Ｐ、Ｓ、Ｅ、Ｌ、Ｔ、Ｒ、Ｉ、Ｑ、Ｎ、Ｈ、Ｋ共 １５ 质的结构和性质，所以构建由特定氨基酸组成，