河南省2013年登革热发的登革热病毒基因组序列测定及分析.PDFVIP

中华流行病学杂志2015 年10月第36 卷第10期 Chin J Epidemiol ，October 2015 ，Vol.36 ，No. 10 ·1185 · ·疾病控制· 河南省2013 年登革热暴发的登革热病毒 基因组序列测定及分析 马红霞 杜燕华 黄学勇 李幸乐 许汴利 【关键词】 登革热病毒；遗传进化分析 司）进行鉴定分型，初步鉴定后参照文献［2 ］进行基因组分段 AnalysisofthegenomesequencesofDengueviruscaused 扩增并测序。 anoutbreakofDengueFeverinHenanprovince，2013 Ma （4 ）序列分析：使用DNAStar 软件包中的SeqMan 程序 Hongxia ，Du Yanhua ，Huang Xueyong ，Li Xingle ，Xu Bianli. 进行序列拼接，拼接后的序列在美国国立生物技术信息中 Institute for Infections Disease Control and Prevention ，Henan 心（NCBI ）网站进行BLAST ，初步发现同源序列。使用 Provincial Center for Disease Control and Prevention ，Zhengzhou DNAStar 5.01 软件包中的MegAlign 软件分析核苷酸序列 450016 ，China 同源性，最后用Mega 5.05 软件采用最大似然法构建进化 Corresponding author ：Xu Bianli ，Email ：xubl@ 树（Bootstrap ＝1 000 ）。本次分离得到9 株DENV 分离株的 This work was supported by grants from the Project of Science and 核苷酸序列提交至GenBank 数据库。遗传进化树中的 Technology Department of Henan Province （No. 142300410077）； DENV 毒株命名规则为国家（省份）/毒株来源日期/ and Henan Provincial Health Department and Ministry of Health GenBank 序列号。 of China Co-build Project （No. 201201003 ）. 2. 结果： 【Keywords】 Dengue virus ；Phylogenetic analysis （1）病毒分离及鉴定：病毒培养后，收集12 份阳性分 离物上清，保存于-70 ℃冰箱。所有阳性病毒分离产物经 登革热病毒（DENV ）通过蚊虫叮咬进行传播，DENV 感 DENV 核酸荧光RT-PCR 试剂鉴定，分型为DENV-3 核酸 染后可引起登革热（DF ）、登革出血热（DHF ）和登革休克综 阳性。 合征（DSS ）。在全世界范围内，主要分布在热带和亚热带地 （2 ）全基因组序列测定及分析：经分段扩增测序，共获 区。在我国主要分布在广东、福建、浙江和云南等地区。 得9 株病毒的全基因序列，将序列提交GenBank ，序列号为 DENV 属黄病毒科黄病毒属，是单股正链RNA 病毒，基因组 KJ622191 ～KJ622199 。基因组全长约10 710 bp ，测序结果 全长约11 kb ，包括4 个血清型，每个血清型又分不同基因亚 经过BLAST 分析，所有序列与DENV-3 同源性最高。含有 型。2013 年以前河南省未发生过DF 本地流行，偶有输入性 一个开放读码框，编码3 390 个氨基酸。两端各有一个非 ［1］ 病例报告。2013 年河南省禹州市首次出现DF