社鼠niviventerconfucianus线粒体基因组全-中国细胞生物学学报.pdfVIP

中国细胞生物学学报 Chinese Journal of Cell Biology 2014, 36(8): 1084– 1091 DOI: 10.11844/cj cb.2014.08.0070 社鼠(Niviventer confucianus)线粒体基因组全序列分析 * * 马晓婷 黄 玲 刘玉静 解卫海 靖美东 (鲁东大学生命科学学院, 烟台264025) 摘要 社鼠(Niviventer confucianus)属于啮齿目(Rodentia)、鼠科(Muridae)、白腹鼠属(Niviventer), 关于该物种的分子系统学研究极少。为获取社鼠线粒体基因组全序列, 提取其基因组总DNA, 参 照近缘物种线粒体基因组全序列设计34对特异性引物, 利用PCR扩增全部片段后进行测序, 之后对 其基因组组成及结构特点进行了初步分析。结果表明, 社鼠线粒体基因组全序列长16 281 bp (Gen- Bank收录号: KJ152220), 包含22个tRNA基因、13个蛋白质编码基因、2个rRNA基因和1个非编码 控制区; 基因组核苷酸组成为34.0% A 、28.6% T 、24.9% C 、12.5% G。将所得序列与社鼠近缘物 种(川西白腹鼠、小家鼠、褐家鼠)的线粒体全基因组进行比较, 结果显示, 四个物种的线粒体基因 组虽然在基因组大小、部分tRNA二级结构、部分蛋白质编码基因的起始或终止密码子及控制区 长度和碱基组成上有差异, 但基因组结构和序列特征方面都具有较高的相似性。四个物种线粒体 全基因组间的遗传距离显示, 社鼠与川西白腹鼠距离最近, 而与小家鼠距离最远。该研究为利用线 粒体全基因组信息进行啮齿类分子系统学研究提供了有价值的资料。 关键词 社鼠; 线粒体基因组; 序列分析 Sequence Analysis of the Complete Mitochondrial Genome of Niviventer confucianus Ma Xiaoting, Huang Ling*, Liu Yujing, Xie Weihai, Jing Meidong* (College of Life Science, Ludong University, Yantai 264025, China) Abstract Niviventer confucianus belongs to genus Niviventer, family Muridae, order Rodentia, and it is involved in few molecular phylogenetic studies. The complete mitochondrial genome (mitogenome) sequence of N. confucianus was firstly obtained with PCR and sequencing techniques using 34 pairs of specific primes. The mitogenome (the GenBank accession number: KJ152220) was 16 281 bp in length and the nucleotide composition was 34.0% A, 28.6% T, 24.9% C and 12.5% G. The mitogenome consisted of 13 protein-coding genes, 22 tRNAs, 2 rRNAs and 1 control region, and the genome organization and sequence characters didn’t differ greatly from those of mit