使用Multiwfn及定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用.docVIP

使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用文/Sobereva??First release: 2012-Aug-6 前言：定量分子表面分析对于预测反应位点、预测分子间结合模式、预测分子热力学性质有重要意义。从Multiwfn 2.3版开始这个功能就被作为主功能12纳入其中了。本文简要介绍定量分子表面分析的概念和意义、它在Multiwfn程序中所用的数值算法，并通过实例说明怎么用Multiwfn的这个功能分析实际问题。实际上本文很多内容在Multiwfn 2.5版手册3.15节和4.12节中都已经涵盖，数值算法在/10.1016/j.jmgm.2012.07.004一文中有十分完整、详尽的说明。Multiwfn可以在http://M免费下载，本文使用的是目前最新的2.5版。1 定量分子表面分析的概念和意义定量分子表面分析主要分析的是静电势（ESP）和平均局部离子化能（ALIE）在分子范德华表面的分布。分子范德华表面的定义非常多，最常用的是Bader的定义，也就是对于气相分子，使用电子密度为0.001 e/bohr^3的等值面作为分子范德华表面，这种定义物理意义明确，而且可以反映局部电子特征产生的影响，比如孤对电子、pi电子。本文所说的分子表面都是指Bader的这种定义。静电势是大家很熟悉的实空间函数，对于分子体系定义如下