多态性和分子进化的.pptVIP

分子进化常用方法;大纲;大纲;Picture come form: /index.html;随着基因组数据的不断丰富，比较基因组学也在蓬勃发展。;大纲;理论背景之;NJ 邻接法（neighbour joining）;MP 最大简约法（maximal parsimony）;ML 最大似然法（ maximal likelihood ）;大纲;进化选择压力Ka/Ks;SNP的分类;Ks = 同义突变SNP数/同义位点数 Ka = 非同义突变SNP数/非同义位点数;检测序列的功能性（funcional or pseudo） 筛选正在快速进化的基因（rapid evolution） Ks可以反映事件发生的时间（age）;检测序列的功能性;筛选快速进化的基因;水稻segmental duplication时间的定义：根据水稻的中性突变率6.5?10-9 ， 当ks为0.69时，事件发生的年代是大约53Mya。;大纲;分子进化领域常用软件;简介： Phylip程序包是常用的进化树计算软件,有华盛顿大学,美国科学院院士loe felsenstein编写,其中包括30个左右的程序,详细说明书和下载信息见:/phylip.html 程序运行： 各个独立的程序多为交互式操作模式，如要运行某个程序可以直接键入程序名称，然后按照程序的提示操作即可。 ;输入格式;常用程序说明： Dnaml：基于dna序列，应用最大似然法（maximal likelihood），构建系统发育树。 portml：基于protein序列，应用最大似然法（maximal likelihood），构建系统发育树。 ;Dnapars：基于dna序列，应用最大简约法（maximal parsimony），构建系统发育树。 Protpars：基于protein序列，应用最大简约法（maximal parsimony），构建系统发育树。;常用软件说明： dnadist：基于dna序列， 计算距离； portdist：基于protein序 列，计算距离； Neighbor：基于距离数据 构建系统进化树;输出格式;requires a total of 19.000 between and length 1 2 0.217949 2 3 0.487179 3 Epsilon 0.096154 3 Delta 0.134615 2 Gamma 0.275641 1 Beta 0.076923 1 Alpha 0.173077 From To Any Steps? State at upper node ( . means same as in the node below it on tree) 1 AABGTCGCCA AAY 1 2 yes V.KD C.. 2 3 yes GG.A..T.GG .C. 3 Epsilon maybe ..G ..C 3 Delta yes ..T..T ..T 2 Gamma yes C.TT...T.. ..A 1 Beta maybe ..G ..C 1 Alpha yes ..C..G ..T;程序运行命令行：;常用Input format:;output format:;output format:;output format:;output format:;其他参考资料:;程序运行: 在当前目录下建立配置文件后,直接键入codeml运行就可以了，但在运行之前需要在当前目录下建好配置文件（codeml.ctl），在配置文件中指明读入的文件，输出的文件，以及相关的参数。;配置文件摘要：;5 417 AK058218_Chr0228577956 atggcttccagggcattcctcctcgtggctctaaatctggtcctcttcttcaccgtggccagcgcctgcggcaa gtactgcccgacgccttcgacgccgtcgacgacgc