SNP(含基因序列图片).ppt

Single Nucleotide Polymorphisms 严然 Yan RanPh.D. (CUHK)Shanghai Orbital Instruments Co., LTD 欧比特仪器有限公司是ABI在中国内地的唯一授权经销商 强大的销售网络： 北京、上海、香港设有分公司，武汉，西安、天津、哈尔滨、青岛等地设有办事处 高素质的销售团队： 90％的销售团队成员都具有硕士学历，拥有丰富的分子生物学领域研究经验 专业的技术支持部门： 公司市场部技术支持团队全部由长期从事生物医学领域科研工作的博士组成，竭诚为终端用户提供完善周到的技术支持服务 SNPs (Single Nucleotide Polymorphisms) 单一碱基序列多态性 是由于单个核苷酸改变而导致基因组核苷酸水平上的变异引起的DNA序列多态性 包括单碱基的转换、颠换，以及单碱基的插入／缺失等 SNP 特点 SNP在人基因组中的发生频率比较高，大约平均每1000个碱基中就有一个多态位点，是继微卫星之后的第三代遗传标记。有些SNP位点还会影响基因的功能，从而导致生物性状改变甚至致病。 SNP 研究意义 作为遗传图谱用于致病基因的搜寻 应用于进化和种群多样性的研究 在药物基因组学、诊断学和生物医学研究中起重要作用 SNP 研究策略 荧光定量PCR Taqman探针法——低通量 基因分析仪 SNaPshot——中通量 SNPlex——高通量 荧光定量PCR Taqman探针法——低通量 ABI 公司荧光定量PCR仪器 第一代荧光定量PCR仪 ---1995年 7700型 ---1997年 5700型 第二代荧光定量PCR仪 ---2000年 7900型 ---2001年 7000型 第三代荧光定量PCR仪 ---2004年 7300型 ---2004年 7500型 2007年 StepOne? StepOne? Plus TaqMan探针法 PCR扩增时在加入一对引物的同时加入一个特异性的荧光探针，该探针为一寡核苷酸，两端分别标记一个报告荧光基团(R) 和一个淬灭荧光基团(Q)。 AB专利——MGB探针 ΔTm or Mismatch Probe Stabilization 两种探针效果比较 235万个SNP试剂盒 2 条引物+2条TaqMan?MGB探针(VIC/FAM) 5 uL 1500反应 1张光盘 ? Protocol ?? ? Product Insert ? Assay information ? Data sheet 实例 定量PCR技术的应用-SNP分析 基因分析仪 SNaPshot——中通量 ABI遗传分析仪家族 单碱基延伸反应原理 单重SNaPshot数据 多重SNaPshot反应原理 SNaPshot操作流程 SNaPshot?Multiplex试剂盒 SNaPshot?Multiplex Ready Reaction Mix 一管做10个位点 对照: 30个反应 6条对照引物: 20A, 28G/A, 36G, 44T, 52C/T, 60C 对照模板DNA: Ampliconfrom CEPH DNA 0.01 ~ 0.4 pmol纯化的PCR模板 Matrix Standard DS-02 [dR110, dR6G, dTAMRA?, dROX?, LIZ?] 流程 PCR产物纯化 15 μL PCR产物加5 U SAP和2 U Exo I 震荡混匀 37 °C 保温1 hr 75 °C 保温15 min 灭活SAP和Exo I酶 在4 °C保存24 hr或-20 °C长期保存。 SNaPshot PCR 混合模板： 以PCR产物作为模板，在纯化好后，每种各取2 μL，混合 混合SNaPshot的PCR引物 每种引物在反应体系中的终浓度分别为0.2 μM PCR循环条件为： (96 °C 10 sec → 50 °C 5 sec → 60 °C 30 sec) × 25循环 → 4 °C SNaPshot PCR： SNaPshot PCR产物的纯化 在10 μL SNaPshot PCR产物中加入1 U SAP或1 U CIP 震荡混匀 37 °C 保温1 hr 75 °C 保温15 min 4 °C可保存24 hr或-20 °C长期保存。 电泳样本制备 SNaPshot产物稀释20倍： 95