肿瘤科研项目方案设计.doc

XX肿瘤相关功能基因XXX研究课题设计 一、XX肿瘤相关基因功能研究整体技术路线 二、合作项目简介 整个文章的研究思路是，在临床病理当中发现在XX肿瘤标本中XXX基因特异性高表达，在相应的肿瘤细胞系也得到一致的结果，随后选取2株典型的细胞系用XXX基因的RNAi的lentivirus获得细胞、整体水平研究数据，了解该基因沉默后对肿瘤增殖，凋亡，侵袭转移能力的影响。最后检测XXX基因的下游作用分子，寻找其可能的作用途径。 预期文章数据框架: Fig.1 肿瘤病理标本中研究的靶基因呈现表达上调（免疫组化或qPCR） Fig.2 不同的XX肿瘤细胞株中该基因的表达也显著增高 Fig.3慢病毒（lentivirus）结构图，肿瘤细胞感染图片 Fig.4 靶基因RNAi慢病毒感染肿瘤细胞后，mRNA和蛋白表达显著下调（qPCR和western） Fig.5 在两株细胞上沉默靶基因之后平行的MTT结果及统计 Fig.6 在两株细胞上沉默靶基因之后流式分析细胞周期，计算凋亡率 Fig.7 在两株细胞上沉默靶基因之后克隆形成能力变化，图片和统计结果 Fig.8 用肿瘤细胞感染RNAi慢病毒制备成稳定细胞株，然后做裸鼠成瘤实验，裸鼠图片，每天量瘤子大小，做肿瘤生长曲线，4周处死称瘤重，计算抑瘤率。 Fig.9下游基因的qPCR检测结果（如果有阳性结果就放上去） Fig.10 western blot验证上述实验结果 三、实验方案 1、XXX在XX细胞表达检测实验 实验内容：选取多株XX细胞株，检测XXX基因的表达，高表达XXX基因的两株细胞用于后续RNAi的研究。 qPCR检测不同细胞株中XXX的mRNA水平； 对XXX表达阳性的细胞株进行感染预实验，确定各个细胞株病毒感染的难易程度 将有XXX表达并且容易感染的肿瘤细胞感染RNAi病毒并进行MTT实验 实验目的：确定各细胞XXX的表达以及在MTT实验中哪株细胞的功能最明显，作为选择相应细胞株进行后续功能实验研究的依据。 实验在多株肿瘤细胞上平行进行（如qPCR检测发现有细胞低表达XXX，则该细胞不进入MTT实验） 项目\分组 NC Con RNAi qPCR-XXX（验证） 细胞增殖检测（MTT法） 2、XXX在肿瘤细胞系中的功能研究 实验内容：根据预实验的结果选择1～2株细胞系进行XXX的相应功能的实验研究，获得一套in vitro实验数据。同时在XXX RNAi获得功能表型的变化后，重新导入一个突变的XXX表达病毒载体，使得功能变化得到回复，从而验证RNAi反应和基因功能的特异性。 实验目的：确定XXX基因在肿瘤细胞中的功能 Knock Down XXX功能验证 XXX siRNA病毒 Control NC XXX RNAi 组别说明 空白对照 RNAi阴性对照 RNAi病毒 qPCR-XXX Western-XXX 细胞增殖检测（MTT法） 凋亡检测（annexin-v/pi双染法） 克隆形成（克隆形成实验） 3、XXX作用机理研究（下游相关基因检测） 实验内容：根据上述的实验结果确定XXX的功能后，对其相关基因进行检测（qPCR或WB法），确定XXX作用的信号传导通路。相关基因可以是以前研究报道的，也可以是经典的途径如与凋亡相关的、增殖相关的或侵袭相关的途径 实验目的：确定XXX的作用机制 4、XXX在动物水平功能研究 实验内容：运用慢病毒感染后的肿瘤细胞直接与对照细胞在裸鼠体内成瘤，4周后比较瘤体大小，计算抑瘤率，也可以采用细胞成瘤后定点注射瘤体的方式进行实验，两种方式互为验证，获得一套高质量的in vivo实验数据 实验目的：在整体水平验证XXX基因在肿瘤成瘤过程中的功能 分组 Control NC-1 RNAi-1 NC-2 RNAi-2 组别说明 空白对照 用阴性对照病毒感染细胞成瘤 用RNAi病毒感染细胞成瘤 定点注射阴性对照病毒 定点注射RNAi病毒 5、XXX表达与临床样本的关系（可用组织芯片技术） 实验内容：收集肿瘤组织样本，获得相应的蛋白和RNA，进行XXX表达Pattern和表达量分析，临床标本进行免疫组化检测。 实验目的：观察XXX表达情况和肿瘤的发生、转移、药物敏感性、预后的关系 四、候选基因信息：A；C；E；i；N （考虑到科研工作的需要，把具体的基因信息隐去了，还请谅解！） AXXX 2002年才被克隆，属于比较新的基因，它是大肠杆菌A的同源物，涉及其研究的文章可以检索到的总共大约有10篇左右，目前主要是停留在研究其作为双脱氧酶可以通过氧化去甲基化催化去除DNA的1-methyladenine和3-methylcytosine，从而起到DNA修复的作用。该蛋白主要是与双链DNA结合，20