优质特色畜禽新品种选育与扩繁技术-中国农业科学院棉花研究所.pptVIP

中国棉花主栽品种DNA指纹库构建 关键技术研究 汇报人：匡 猛 中国农业科学院棉花研究所 汇报内容 一、研究背景 二、指纹库构建研究进展 三、非纯位点与杂株的鉴别 四、重点与难点 五、相关科研成果 棉花品种鉴定 广泛的应用领域 国际植物新品种保护联盟(UPOV)在BMT分子测试指南中，已将构建DNA指纹数据库的方法确定为SSR和SNP，其中SSR标记因其技术比较成熟，已得到广泛的应用。 然而，基于常规聚丙烯酰胺凝胶电泳与银染技术的检测方法在分析的材料和位点较多时，检测工作显得费时费力，且不同胶板间数据的整合与统计是一项很繁琐的工作，数据结果的准确性也很难保证。 毛细管电泳检测平台 毛细管电泳检测平台是以不同颜色的荧光染料标记在SSR引物的5′端，荧光检测器对标记有荧光染料的扩增产物进行信号采集，并通过与各泳道的分子量内标进行比对，可自动读取产物片段大小，大大提高检测效率的同时保证了数据的准确性，尤其适用于大规模材料的检测分析与指纹数据库的构建。 研究进展 本课题在已有的研究基础上，利用36对SSR核心引物，首次采用多色荧光标记检测技术开展我国棉花主栽品种DNA指纹数据库构建的研究工作，开发了棉花DNA指纹数据库软件管理系统，代替人工进行数据统计与分析，使鉴别和研究更快捷、准确，初步建立了高通量的棉花DNA指纹检测与数据分析平台。 供试材料 初次入库的棉花品种合计138份，其中包括2007—2009年连续3年的农业部全国棉种质量抽查项目获得的，来源于我国三大棉区的主栽品种101份，中棉所(CCRI)系列品种37份（包括4份常规种与11份杂交种及其亲本）。 荧光峰型表现形式 杂交种峰型特点 荧光多重PCR组合的建立 基本原则： ①组合中各引物的扩增产物片段范围不能交叉； ②避开非特异扩增产物峰的相互影响； ③采用多色荧光染料进行标记； ④对于扩增效率较低的引物优先使用FAM进行标记； ⑤选择SSR左右引物中较好的5′端进行荧光标记，尽量避开二聚体结构。 荧光多重PCR组合 棉花DNA指纹数据库软件管理系统 实现了五大功能： — 品种信息查询； — 品种比较； — 亲子鉴定； — 特异性鉴定； — 指纹图谱绘制； 同名品种指纹差异分析 相同年份、不同来源的同名品种 ； 共9对，差异位点数均在0-2个之间—100%； 不同年份、相同来源的同名品种 ； 共13对，差异位点数:0-2个之间，10对—76.9%; 4-5个之间，3对---23.1%; 不同年份、不同来源的同名品种； 共11对，差异位点数:0-2个之间，10对—90.9%; 11个 ， 1对— 9.1%； 相同来源、相同年份、不同批次的同名品种 ； 共2对，差异位点数：0个； 三、非纯位点与杂株的鉴别 非纯位点 一方面是由于在传统的遗传育种过程中，育种家侧重对重要农艺性状和易于观察鉴别的植物学特征进行选择，不可能对全基因组施加选择压力，从而导致某些遗传交换频率较低的位点通常保持父母本DNA片段的杂合状态，并在后代群体中保持孟德尔式的遗传分离； 另一方面可能是由于某些品种自交代数不够，部分位点尚未纯合。因此，可以通过增加自交代数，系统选育出位点纯合率高的品种，以提高品种的一致性与稳定性。 非纯位点 进行棉花品种纯度的SSR标记位点分析时，需区分遗传不稳定所致的非纯位点与生产加工过程中的种子混杂，明确鉴别位点纯合度与种子生产纯度两个指标，才能获得更客观准确的纯度鉴定结果，具有针对性地指导棉花遗传育种、品种审定、种子生产与加工。 四、重点与难点 棉花作为常异花授粉的四倍体作物，其基因组与遗传背景相对二倍体作物(如玉米和水稻)更为复杂，品种内部的高度一致性很难保证，如何准确鉴别品种间与品种内部剩余变异所致的差异，一直都是未能很好解决的难题。 同时，由于四倍体的特性，不同棉花品种的基因型可能表现为单峰、双峰、三峰及四峰(基于毛细管电泳检测平台)，给数据采集与统计分析带了很大的难度与挑战。 五、科研成果 相关科研论文 [1]Meng Kuang, Weihua Yang, Fei Wang. Screening of highly informative and representative microsatellite