第7章 蛋白质组学.pptVIP

蛋白质组生物信息学 Bench works (2D, MS, etc) Databases Bioinformatics 数据库 说明 WWW地址 蛋白质序列库: SWISS-PROT 内容丰富,提示详尽 http://www.expasy.ch/sport/ PIR较 /pir/pir-psi.html TrEMBL (EMBL的翻译) http://www.expasy.ch/sprot /OWL (非冗余库) http://www.biochem.ucl.ac.uk/bsm/dbbrowser/OWL/OWL.html 核苷酸数据库: EMBL 欧州分子生物学http://www.ebi.ac.uk/ebi-docs/embl-db/ebi/topembl.html GenBank美国生物工程信息中心/Web/Search/index.htm ldbESTCDNA序列标记/dbEST/ 模体与域: PROSITE 序列模体 http://www.expasy.ch/sport/prosite.html BLOCKS 保守序列 / ProDom蛋白质域http://protein.toulouse.inra.fr/prodom.html SBASE蛋白质域http://base.icgeb.trieste.it/sbase/ 二维电泳(2DPAGE): WORLD-2DPAGE国际2DPAGE库的完整索引http://www.expasy.ch/ch2d/2d-index.htm lLinksto2DPAGEPhoretix公司的连络表/links.htm 2DWG二维电泳图谱元库/2dwgDB/ Flicker成对电泳图谱比较/flicker/ 三维结构库: PDB蛋白质三维结构坐标库/ SWISS-MODEL从序列模建结构http://www.expasy.ch/swissmod/SWISS-MODEL.html SWISS-3DIMAGE三维结构图示http://www.expasy.ch/sw3d/ DSSP二级结构命名ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/dssp FSSP蛋白质结构家族ftp://ftp.ebi.ac.uk/pub/databases/fssp/ 翻译后修饰: O-GLYCBASE糖基化http://www.cbs.dtu.dk/databases/OGLYCBASE/ PHOSPHOBASE磷酸化http://www.cbs.dtu.dk/databases/PhosphoBase/ deltamass翻译后修饰汇编.au/WWWDOCS/SVIMRDOCS/MassSpec/deltamassV2.html 基因组库: dblist基因组库目列http://www.expasy.ch/amos-www-links.html#organisms GDB基因组库/ OMIM遗传病表型/omim/ GeneCards生物医学知识http://bioinfo.weizmann.ac.il/cards/ 代谢库: Boehringer图代谢路径图http://www.expasy.ch/cgi-bin/search-biochem-index ENZYME酶及其反应的命名http://www.expasy.ch/sprot/enzyme.html Ecolyc大肠杆菌中间代谢/ecocyc/ecocyc.html HinCys嗜血流感中间代谢/ecocyc/hincyc.html WIT酶和代谢途径/WIT/ 相互作用: GIF-DB果蝇发育中的基因相互作用http://gifts.univ-mrs.fr.GIF-DB/GIF-DB-home.html KEGG基因相互作用http://www.genome.ad.jp/kegg Deletion酵母功能基因组/group/yeast-deletion-project/deletion.html 用于蛋白质鉴定的数据库搜索软件 属性参数/软件名称 WWW地址 蛋白质质量+蛋白质序列标记 PeptideSearchhttp://www.mann.embl-heidelberg.de/Services/PeptideSearch/PeptideSearchIntro.html TagIdenthttp://expasy.hcuge.ch/sprot/ta