DL_POLY2.16使用速成 一 软件的.docxVIP

DL_POLY2.16使用速成一软件的编译? ?1 安装visual c 6.0 对安装目录无要求，必须注意安装最后阶段，当问及是否在路径中设置环境变量时，一定选择是。? ?2 安装Compaq Visual Fortran 6.5 对安装目录无要求，必须注意安装最后阶段，当问及是否在路径中设置环境变量时，一定选择是。? ?3 在windowsxp下安装linux模拟环境 Cygwin，只能安装在C盘跟目录下。具体安装办法参看installcygwin.doc。很多人选择默认全部安装，因为cygwin的默认安装很多组建是不安装的。所以一定请参看我给的安装方法安装cygwin。? ? 以上步骤1，2可以相互交换次序，但是cygwin的安装必须在前两步完成后才可以进行。不过请先看installcygwin.doc下载cygwin，很慢的。? ? 4 进入C:/cygwin/bin/找到link.exe将其改名为link.exe.bak ? ? 5 在以上各步骤完成的基础上，把dlpoly拷贝到cygwin目录下，然后把dlpoly/build目录下的makewin拷贝到srcf90目录下改名为makefile。? ? 6 打开cygwin的模拟终端（即双击winxp下的那个可执行程序cygwin.exe）转到srcf90下，命令如下? ? cd c:/cygwin/dlpoly216/srcf90 ！该命令假设所有dlpoly的文件夹都放在dlpoly216文件夹内。然后在命令提示符后输入如下命令? ? make Compaq-f90 回车即开始编译，在前述操作无误，且C, fotran编译器设置正确的情况下通过后会在execute目录下产生DLPLOY.X可执行程序。以后运行时候只需要把DLPOLY.X拷贝到你提交运行任务的目录下在终端窗口输入如下指令? ? ./DLPOLY.X 回车，即开始运算，如果有错误程序会终止，在OUTPUT文件里写有错误代号，可以从使用手册里面查找以确定出错原因。? ? 注意：Linux操作系统区分大小写，所以字母大写小写不代表同样的文件或者操作命令，使用者可以在网上随便找到简单的linux操作指令。二软件包的运行? ?1 请在dlpoly216/下建立相关的运算目录比如Si表示该目录计算Si,且在该目录下准备好常用的输入文件，共三个（所有输入输出文件均可用记事本打开修改，我用的UltraEditer）??(1) CONFIG文件? ? 注意，文件名一定要大写。文件格式如下Si sample Config file? ?！文件头，字符形变量，长度100 ? ?? ?? ?0? ?? ?? ?2? ? ！整形变量，0表示输入文件仅包含坐标2表示长方体正交边界条件? ???12.882225867378? ?? ?0.000000000000? ?? ?0.000000000000? ? ！模拟材料长的三个分量? ?? ?0.000000000000? ???12.882225867378? ?? ?0.000000000000? ? ！模拟材料宽的三个分量? ?? ?0.000000000000? ?? ?0.000000000000? ???12.882225867378? ? ！模拟材料高的三个分量? ?? ?Si? ?? ?? ?1? ?? ?！原子名称及序数，注意名称要及FIELD文件中的名称一致? ???-5.997878668000? ???-5.951354114000? ???-5.974887095000??！原子坐标? ?? ?Si? ?? ?? ?2 ? ???-2.744948035000? ???-4.885863816000? ???-4.846913142000 ? ???。? ?? ?。? ?? ?。Si? ?? ? 215 ? ?? ?4.878605683000? ?? ?2.717825432000? ?? ?4.875233647000 ? ?? ?Si? ?? ? 216 ? ?? ?5.980280337000? ?? ?5.956520906000? ?? ?6.010595727000? ? ? ?? ?具体的文件格式参看手册，注意：原点必须取在模拟材料的几何中心??? ?（2）CONTROL文件以NPT系综为例，格式如下Si nanoware with Tersoff potential? ? ！文件头100长度字符形变量integrate leapfrog? ?? ?? ?? ?? ???！积分采用蛙跳法pressure? ?? ?? ?? ?? ? 0.0? ?? ?！压强设置为0 temperature? ?? ?? ???200.0? ?? ?