结合分子模拟和网络方法分析茁2肾上腺素受体激活过程的-分析化学.PDF

第43卷 分析化学 (FENXI HUAXUE)摇 特约来稿 第11期 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 摇 2015年11月 ChineseJournal of Analytical Chemistry 1722~1727 DOI:10.11895/j.issn.0253鄄3820.150530 结合分子模拟和网络方法分析 茁2 肾上腺素受体激活过程的构象变化 1 2 1 1 *1 *1 肖秀婵摇 华勇攀摇 高 楠摇 江源远摇 蒲雪梅 摇 李梦龙 1 2 (四川大学化学学院,成都610064)摇 摇 (四川大学计算机学院,成都610064) 摘摇 要摇 顺应蛋白质结构功能研究的发展对构象信息的需求,结合靶向分子动力学模拟和蛋白质网络方法 建立了对茁2 肾上腺素受体激活信号传导相关的构象变化的解析方法,通过分子动力学模拟获取激活过程的 构象集合,并进一步采用网络分析方法去识别构象变化过程中的关键残基及关键路径。 结果表明,茁2 肾上腺 素受体构象变化是各个区域之间信号传递的综合,跨膜螺旋的连接区域是信号传递的枢纽,螺旋两端包括胞 内外Loop 区域是信号传导的核心区域。 关键路径分析发现,信号传递通路不止一条,都是从配体结合口袋残 基Ser204 附近开始,分别传递到NPxxY 区域和ICL2 区域,其中螺旋芋,吁,遇是信号传递的必经区域,这些研 究成果为茁2AR激活信号传导过程的阐明提供了重要的分子信息。 关键词摇 茁2 肾上腺素受体;激活过程;构象变化;靶向分子动力学模拟;蛋白质网络;关键残基 1摇 引摇 言 蛋白质具有柔性,其结构在功能发挥过程中会发生相应变化,而蛋白质的晶体结构只是一种静态的 平均结构,并不能完全代表其发挥功效的构象,因此对蛋白质构象变化的分析已成为蛋白质结构功能研 [1] [2] 究的一个重要发展趋势 。 Lanucara等 利用离子迁移质谱解析蛋白质的构象变化动力学,为人们理 [3] 解其功能提供了蛋白质柔性和折叠机制的构象信息;Burmann等 将高分辨率NMR用于大肠杆菌探针 [4] 与配体作用的构象变化动力学研究。 此外,Kahsai等 提出了结合同位素标记和质谱法研究蛋白质构 象变化的分析方法,并用该方法成功揭示了一种重要靶标蛋白受药物配体诱导所引起的激活功能的构 象变化。 上述工作清楚地展示了仪器分析方法用于蛋白质构象分析的发展新趋势,以及构象解析对一 些新分析方法的需求。 G蛋白偶联受体(GPCRs)是最大的膜蛋白家族和药物靶标之一,由7个跨膜螺旋构成,在信号传导 [5] 过程中具有重要作用,是药物研发中主要靶标蛋白,目前市场上30%的药物是以GPCRs 为靶标 。 GPCRs主要是通过从非活性态到活性态的激活来发挥其信号功能,在其激活过程中,伴随着明显的构 象变化,因此,对激活过程中构象变化的了解是阐明GPCRs激活机制这一信号功能的关键。 然而,对于 膜蛋白的解析难度导致GPCRs高分辨率晶体结构实验缺乏,更加限制了其激活过程中构象变化的分 析。 因此,有必要引入一些先进的其它学科技术,协助实验解析其构象变化的结构信息。 分子动力学方法可以模拟出物质在原子尺度上的结构和动力学行为的时