基因变异解释湖泊内藻基因之不同PaperCourseNote.pptVIP

* APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY Oct. 2005, p. 6126-6133 報告者：簡鈺晴 有毒藻之藻華現象- Microcystis aeruginosa 研究 此藻種之多樣性 形體差異 基因差異（在同一族群或不同族群間） 為何從基因的角度 無法由形體辨識是否產毒 實驗設計 （BG-11, n=3) （WC, n=2) 數據分析 G-test, although it is also sometimes called a log-likelihood test or a likelihood ratio test. With sample sizes between 50 and 1000, it generally doesnt make much difference which test you use, so you shouldnt criticize someone for using the chi-square or G-test The G-test of independence is used for two nominal variables, not one. 結果 Survival rate Range: 0-30% Mean ± SD , 7.4 ±2.1% Relationship 湖泊總磷與高營養培養基之存活率中度相關 培養基的影響 （G = 38.7, df=4, p0.001) Slope= 0.943 r2=0.407 p=0.014 n=14 實驗 PCR result of HIP primers 序列　　　　　　差異處Seq 1: AATTAATTCG　→ＡＴＴSeq 2: AACCAATTCG　→ＡＣＣSeq 3: AGTTAATTCG　→ＧＴＴ Seq 1和Seq 2間差了兩個鹼基，Seq 1和Seq 3卻只差一個鹼基。然而三條序列在Wright’s F的觀點下都被視為不同的alleles。 Microcystis aeruginosa Population Colony Strain 10 colonies ? 3 stranis 8 colonies ? 8 stranis 7 colonies ? 1 stranis /docs/2370106/Analysis-of-Molecular-Variance-(AMOVA) 基因型（％） Percent distinct genotypes = Range: 42-100% Mean ± SD , 78 ±7.8% no. of distinct genotypes no. of isolates analyzed AMOVA 用來評估湖泊藻族群內與藻族群間單體的差異 p value of Φsc 結果 AMOVA 各湖泊藻種基因之變異 41%基因變異解釋湖泊間藻基因之不同 59%基因變異解釋湖泊內藻基因之不同 Paper Course Note G-test χ2 觀察值,平均值之比較 AMOVA ANOVA 單因子變異數分析 F-test (or F-statistics) Φ-statistics 檢定變異數 表(p value of Φsc)是否應該對角對稱 比較表 Q A section the phi coefficient φ or rφ is a measure of association for two binary variables. 是「一群族群」的資料，「族群內」的資料其實是包含在「一群族群」的資料之內。 * 41%基因變異解釋湖泊間藻基因之不同 59%基因變異解釋湖泊內藻基因之不同 * 是「一群族群」的資料，「族群內」的資料其實是包含在「一群族群」的資料之內。 * 41%基因變異解釋湖泊間藻基因之不同 59%基因變異解釋湖泊內藻基因之不同 * *