olex2初级指南.pdf

Olex2 初级指南 By lich666 email：wangff666@126.com，qq：348511586） 0 前言 0.1 为什么要使用olex2 Olex2 同shelxtl 类似，均为集成的晶体解析软件，具有解析、精修、画图 等多种功能。二者均是年龄 10 年以上的老软件了，许多晶体学软件已经不更新 了，但是它们依然有人维护，不断推出新版本。随着不断发展，二者已臻成熟， 不乏使用者。经过本人使用，发现两者有诸多优缺点。 Olex2 具有美观的图形界面，可以用鼠标操作，使用方便快捷。而shelxtl 大多数时候只有一个黑洞洞的屏幕，且需要使用键盘输入命令，略繁琐。 Olex2 具有方便的数据回滚功能，当进行多次尝试时可以直接回滚，无需手 动保存 Olex2 扩展性强，可以方便调用多种解析和精修软件，而且可以直接调用 platon。Shelxtl 只能使用自带的xs 和xl 软件。 Olex2 虽然自带多种实用工具，如solvent mask 和twinning 等，但是这些 工具多半有瑕疵，发文章不推荐使用，去除溶剂和孪晶最好用 platon 代替。 Shelxtl 所带的工具较少，仅有Xprep，但可以帮我们解决许多问题。 Olex2 具有上述多种优点，下面就开始olex2 从头开始的教程。 本教程只是给自己实验室留点纪念且想给学习olex2 的同学们一个参考，文 中仅代表个人观点，本人学习结构解析仅两年有余，olex2 软件全靠自己钻研， 难免有疏漏，如有错误请直接指出。 0.2 配置olex2 首先需要到 网站 这个网站现在需要注册）上下载 olex2 的最新版本 1.2.5，推荐下载绿色版本，直接解压缩就可以使用，且 32 位系统 下载32 位版本，64 位版本下载64 位版本 （本教程以64 位版本为例，如果懒得 去官网可去百度网盘下载已按下文配置好的版本，百度网盘里还有 platon 和 shelx2013 中的shelxl、shelxs）。然后将压缩包解压，放置在一个没有中文路 径名的文件夹里，如D:\c\olex2-win64 中。 不推荐使用其自带的解析和精修软件，你需要将Shelxtl 软件包中的xl.exe 和xs.exe 如果使用Shelxtl2013 需要复制shelxl.exe 和shelxs.exe）复制到 olex2 所在文件夹中，如下图0-1 所示。配置完后就可以使用了。 图0-1 如果需要使用 platon，需要去 platon 下载 platon.zip 和 pwt.zip，将 platon.zip 中的platon.exe 和check.def 复制到olex2 文件夹中，再将pwt 安 装后的salflibc.dll 复制到olex2 文件夹中即可。如下图0-2 所示。 图0-2 其他软件如sir、jana、SuperFlip 等均可被olex2 支持。如果它们已经安 装在你的计算机上的话，那么直接打开olex2 就可以使用它们。如果只有一个文 件的话，像shelxl.exe 样直接复制到olex2 所在文件夹中就可以使用了。 1 晶体解析实例 下面使用多个实例来讲解olex2 中各种实用功能。本讲解适合于对晶体解析 有 定基础，但是没有使用过olex2 的同学。如果你晶体解析基础为0，请了解 晶体解析的一些基础之后再来看本教程。 1.1 olex2 自带的Sucrose 例子 双击olex2.exe打开程序，可见如下界面，见图1-1。选择菜单栏中FileOpen， 此时弹出Open File 对话框，继续选择我们的第一个例子Sucrose，相应文件位 于 D:\c\olex2-win64\sample_data\sucrose 中 假设 olex2 解压路径为 D:\c\olex2-win64\，下同），见图1-2 选择sucrose.ins，点击打开按钮，打开 相应文件，如图1-3 所示。右上角显示了元素组成、晶体学参数、数据完整度等 数值。 图1-1 图1-2