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生物信息基础-序列分析
生物信息基础
第四章 序列分析
内容提要
• 序列的相似性
• 两序列比对
• 多序列比对
• 在数据库搜索同源序列
• 序列拼接与组装
2
序列 比较
• 序列比较的根本任务是:
–发现序列之间的相似性
–辨别序列之间的差异
• 目的:
- 相似序列 相似的结构,相似的功能
- 判别序列之间的同源性, 推测序列之间的进化关系
3
第一节 序列的相似性
4
同源与相似
– 同源(homology): 具有共同的祖先
• 直向同源(Orthologous )
• 共生同源(paralogous )
– 相似(similarity):有程度的差别。
• 同源序列一般是相似的
• 相似序列不一定是同源的
• 进化趋同(同功能):相似性可能由随机因素产生
5
直向同源序列:来自于不同种属的的同源序列,例如物种I中的a1基
因与物种II中的a1基因。
共生同源序列:来自于同一种属的序列,由进化过程中的序列复制
而产生,例如同一物种I中的a1基因与a2基因
a
Gene Duplication
a1 a2
Speciation
a1 a2 a1 a2
Species I Species II
6
序列的相似性描述
– 定性的描述
– 定量的数值
• 相似度
• 距离
7
序列比较的基本操作是比对(Alignment )
两个序列的比对是指这两个序列中各个字符的一种
一一对应关系,或字符的对比排列;是一种关于序
列相似性的定性描述。
最优比对揭示两条序列的最大相似程度,指出序列
之间的根本差异。
设有两个序列:
GACGGATTAG,GATCGGAATAG
Alignment1:
GACGGATTAG
GATCGGAATAG
Alignment2:
GA CGGATTAG
GATCGGAATAG
8
1、字母表和
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