dRNA-seq原理及其在原核生物转录组学研究中的应用.pdfVIP

逢付HEREDITAS(Beijing)2013年8月 ISSN0253-9772 1^n^，1^f．chinagene．cn 综 述 DoI：lO．3724／SEJ．1005．2013．00983 侯志伟1一，王赞3，高宏1，侯圣伟1 1．中国科学院水生生物研究所，淡水生态与生物技术国家重点实验室，武汉430072； 2．中国科学院大学，北京100049； 3．河南城建学院生物工程系，平顶山467036 摘要：第二代测序技术不仅推进了基因组学的研究，而且也广泛应用到转录组学的研究中。原核生物转录组学 的研究方法主要有Tiling芯片和RNA．seq，后者因其较高的覆盖率和分辨率以及越来越低廉的成本而逐渐被更 多的研究单位采用。根据对mRNA富集方法或rRNA去除方法的不同，目前RNA—seq方法主要有6种，其中 dRNA—seq由于采用了5’单磷酸依赖的外切酶，可以特异性地降解加工过的转录本，从而使初始转录本得到富 集，已被广泛应用到原核生物转录起始位点、小的调控RNA、启动子及操纵子等研究中。文章对dRNA．seq的 原理、技术流程及其在原核生物转录组学研究中的应用进行了综述，并对这一研究方法在现阶段应用的优势和 局限性进行了讨论，也进一步对该方法在未来的发展和应用进行了展望，期望为国内相关领域研究人员提供参考。 关键词：dRNA．seq；转录组测序；小RNA；转录起始位点；非编码RNA The of andits in tran-- principledRNA-·seq applicationsprokaryotic scriptomeanalyses HOU Zhi—Weil…，WANGYun3，GAO Hon91，HOUSheng．Weil 430072，China； 2．UniversityofChineseAcademyofSciences，Beijing100049，China； 467036，China 3．DepartmentofBioengineering，HenanUniversityofUrbanConstruction，Pingdingshan Abstract：Theand studieshavebeen acceleratedthe genomictranscriptomic greatly by next—generationsequencing aretwomainmethodsin and RNA-seq．Com- technology．Currently,theretranscriptomicstudies，namely,Tilingmicroarray wellasdecreaseof ofits in and costs， resolution，as paratively,becauseoverwhelmingsuperioritytranscriptcoverage of tothe hasbeen in an numberresearch transcriptome institutes．According RNA-seq