蛋白质工程第二章 蛋白质分子设计.pptVIP

第二章 蛋白质分子设计 蛋白质工程 蛋白质分子设计 蛋白质分子设计原理 基于天然蛋白质结构的分子设计 定位突变 蛋白质分子拼接 全新蛋白质设计 蛋白质的从头设计 第一节 蛋白质分子设计原理 蛋白质设计的目的 为蛋白质工程提供指导性信息 探索蛋白质的折叠机理 蛋白质设计存在问题 设计的蛋白质与天然蛋白质相比缺乏结构的独特性极明显的功能优越性 设计的蛋白质有正确的形貌、显著的二级结构及合理的热力学稳定性，但三级结构的确定性较差 蛋白质的分子设计 可分为两个层次 在已知立体结构基础上所进行的直接将立体结构信息与蛋白质的功能相关联的高层次的设计工作。 在未知立体结构的情形下借助于一级结构的序列信息及生物化学性质所进行的分子设计工作。 按照改造部位的多寡分为三类： 第一类为“小改”，可通过定位突变或化学修饰来实现； 第二类为“中改”，对来源于不同蛋白的结构域进行拼接组装； 第三类为“大改”，即完全从头设计全新的蛋白质。 蛋白质分子设计的分类 蛋白质分子设计的基础 蛋白质生物功能 蛋白质功能与结构的关系 蛋白质一级结构与功能的关系 蛋白质空间构象与功能活性的关系 结构生物学与生物信息学促进蛋白质分子设计 蛋白质分子设计的原则 蛋白质来源：真菌、细胞、动物蛋白质和植物蛋白质 筛选以及纯化蛋白质需要测定它们的序列、三维结构、稳定性、催化活性等 在明确突变位点或蛋白质序列应改变的区域后，可以进行定位突变，但要得到具有预期结构与功能的蛋白质是不容易的，可能需要经过几轮的循环。 筛选以及纯化蛋白质需要进行细致的表征，测定它们的序列、三维结构、稳定性、催化活性等。 专一性突变产物是蛋白质设计成败的关键。一些新技术，如PCR及自动化技术的发展使各种类型的基因工程变得快速、容易。 计算机模拟技术在蛋白质设计循环中占有重要位置。建立蛋白质三维结构模型，确立突变位点或区域以及预测突变后的蛋白质的结构与功能对蛋白质工程是至关重要的。 蛋白质分子设计流程图 天然蛋白质 蛋白质晶体学 新蛋白质 蛋白质三维结构 结构与功能关系 蛋白质突变体设计及结构预测 几何优化及蛋白质动力学研究 结构分析与原先的结构比较 蛋白质合成定位突变 分离、纯化及表征 蛋白质结构预测 从数据库输入 第三节 全新蛋白质设计 特征： 全新蛋白质设计是另一类蛋白质工程，合成具有特异结构与功能的新蛋白质。根据所希望的结构及功能设计蛋白质或多肽的氨基酸序列。 蛋白质的全新设计 蛋白质结构的从头设计 蛋白质功能的从头设计 取得的进展：血红素结合蛋白、 氧化还原活性蛋白质、 DNA结合蛋白 基于蛋白质的高分子材料 中心问题：设计一个具有稳定及独特的三维结构的 序列 克服的障碍：线性聚合链的构象熵 采取的策略： 1）使相互作用的强度与数目达到最大； （理论基础：分析已知结构的天然蛋白质中的二级结 构单元） 2）通过共价交叉连接减小折叠的构象熵。 一、蛋白质结构的从头设计 １、二级结构模块单元的自组装： 优点：设计或合成都比较简单 缺点：蛋白质的稳定性（熵较大，依赖浓度） 结构的简单重复 α螺旋设计使用的策略 1）使用大的形成螺旋倾向性的残基，如亮氨酸、谷氨酸或赖氨酸等 2）使用合适的集团去除端基电荷，防止与螺旋偶极不合适的电荷相互作用 3）使用极化或荷电氨基酸引入稳定的氢键或在螺旋中相隔一圈残基间的离子相互作用 4）使用在螺旋中相隔一圈的残基间疏水的范德华相互作用 5）使用芳香-荷电-疏的相互作用 蛋白质从头设计的手段 ２、配体诱导组装 配位结合位点设计在结构中有几个相互作用片断的界面处。如果这个位点对配体有很高的亲和力，则结合配体的合适的自由能将充分克服熵消耗并且驱动肽自组装 ＋ 3、通过共价交叉连接实现肽的自组装 设计全新蛋白的主要障碍是肽链的构象熵。当几个没有连接的肽链进行自助装时，熵势垒比较难以克服。通过共价交叉连接可以减少构象熵。 自然界唯一用于交叉连接的方法是二硫键。