MEGA分子聚类.pdfVIP

生 物 信 息 学 ChimJ0umalofBioinf0nnatics 技 术 与 方 法 基于 DNA分子标记数据构建系统进化树的新策略 李亚玲 ，韩国民 ，何沙娥 ，张智俊” (1．浙江林学院浙江省现代森林培育技术重点实验室，杭州31130o； 2．南京大学生命科学学院，南京210o92；3．浙江林学院农业与食品科学学院，杭州 3l13oo) 摘要：结合DPS软件和 加1CA软件优点，进行DNA分子标记数据处理和系统发育树构建的新策略 ：首先使用DPS软件进行0，1 数据系统聚类方法获得遗传距 离矩阵，然后将此矩阵输入 MEGA3，利用NJ或者UPGMA进行系统进化树的构建和树的优化。 该方法操作简单，得到的树形美观。 关键词：DPS；加1GA；DNA分子标记；进化树构建 中图分类号：Q522+．6 文献标识码：A 文章编号：1672—5565(20o8)一o4—168—04 Anewstrate f0rc0Ilstructi0n0fPlhyl0gen鲥ctreebased 0n DNA n10lecu=IarnI蜀LI-kdata LIY_a—lin ，HNGuo—min2，HEsha—e一，zHLAGzhi—jun (』．研 6厂0r， 5 胁胛 hDf0gy 撕 pr ，Z^她 船打y f ，舶咖 3J似 ， ； 2． 蜘 ， 船 ， 船 2 ，‰ ；3． s ，铂 打y抛 ， 脚 ， ) A1)stract：Anews证alegywasusedf0rco璐Ⅱuc石0n0fPh)dogenec乜℃ebasedonDNAⅡl01ecu1arIIlarkdatabyc0HlbinedDI st csa丘ware 觚d皿GA妯 眦 ．Firsdy，con1pu phyl呼nelicdistancemmxinDPsso眦 伽 O，1data，锄d nifIlp0rtedd1emtri】【inl0船 GA． Final1y，phy1ogene w舾c吣 c byNJ／UPcMAr ord． 1eyWords：DPSsof aI℃；MEGA；DNA I ecularrna er；Phylogene石ctreeconstructi0n． 随着分子标记技术的发展和应用，针对诸如RAPD、 1 数据与方法 A兀P、SSR、IssR等标记技术的电泳结果，往往需要对其电泳 谱带所对应的大量 “O，l”二元数据进行聚类分析，然后作出 1．1软件的获得及安装 进化树图，才能最终获得物种遗传多样性和亲缘关系的分析 结果u。目前，对于这些二元分子标记数据的处理，常见的 加m 3下载地址 ：h仕p：／，www．meas0fhvare．net／IIle朗．ht． 处理软件有：PAuP、N1sYs、P0PGEN32、RAPDistance等 ，尽 rnl，填写一个表单文件即可免费下载。DPs统计软件下载地 管这些软件也能对数据进行处理并获得最终结果，但是以上 址：http：／w／ww．c}nadps． down1oad．hⅡn。点击 srAIL文 软件在实际操作中经常会碰见以下几个问题 ：1)对于前期的 件，按照默认设置即可完成程序的安装。 数据录入格式有一定的特殊要求，数据输入一旦格式不对则 1．2 0，1二元数据的输入 不能计算分析；2)软件均为英文界面，操作复杂不容易上手 ； 将各种分子标记 (RAPD、ssR、ISSR、 等)的电泳谱带 3)处理样本数据量有限制 ；4)构建的进化树图不美观或不能 转换成二元数据，即 1代表有带，0代表元带，输入 ExCEL 调整修饰 ，这样会最终影响结果的分析和文章的发表。经过 (也可直接输入DPS软件)并保存实验数据。 摸索和实践发现 ，将统计软件 DPs㈨和进化树构建软件 1．3