WEGO使用说明.pdfVIP

一、 简介 WEGO(Web Gene Ontology Annotation Plot) （ 主 页 ： /cgi-bin/wego/index.pl ）是由BGI 开发的用于图形显示 GOTree 注释的Web 工具，已经用于许多重要生物学研究中，如水稻基因组计划 [Yu, J. et al. Science 296, 79-92 (2002); Yu, J. et al. PLoS Biol 3, e38 (2005)]、家蚕基 因组计划[Xia, Q. et al. Science 306, 1937-40 (2004)]等，现已成为基因注释分析下 游的一个常用工具，尤其是做比较基因组学分析的时候。总的来说，WEGO 具 有以下几个优点：(1)方便用户，例如，生物学家可以直接使用InterProScan 的结 果作为WEGO 的输入结果，进行分析，而不需要进行任何转换；(2)WEGO 提供 网页版服务，避免了繁琐、单调的软件安装和测试；(3)WEGO 提供可视化的注 释结果，不仅可以按照用户要求定制输出结果，更有助于理解 GO 注释结果； (4)WEGO 没有物种的限制；(5)WEGO 支持多组基因注释数据的比较。除WEGO 外，还提供两个额外的相关工具：External to GO Query 和GO Archive Query 。 GO 数据从GO FTP archive 上下载，并每月更新。 二、 功能及使用方法 WEGO 使用有三个步骤，第一，上传注释结果，输入文件可以是WEGO 的 原始格式，或者使用InterProScan 作为注释工具，注释结果可以直接使用，支持 InterProScan 的txt 、raw 和XML 格式。第二步，上传文件后，页面转至GO Tree 的注释页面，你可以选择自己感兴趣的GO 条目，输出直方图。最后一步为图形 设置，比如图片标题、颜色、图例描述等。目前WEGO 支持SVG、PNG 、PostScript 和GIF 图片输出格式。也可以通过邮件获得输出结果。 1.WEGO 第一步，上传注释结果或者输入之前运行过的JobID （三天内有效），输入文 件格式可以是WEGO 的原始格式或者InterproScan 的三种输出格式：txt 、raw 、 XML 。注意，上传数据路径不要含有中文，否则程序会报错。 图1.数据上传页面 数据格式说明： (1) WEGO 原始格式： 为简单的文本格式，一个基因一行，各列用 tab 分隔。第一列为基因名称， 其余各列为 GO 号，格式为：GO ：GOID ，如 GO:0000015 。如果基因没有对 应的 GO 号，可以为空。输入文件例子如下： (2) Interpro txt 格式： (3) Interpro raw 格式： (4)Interpro XML 格式： 第二步，上传结果后，页面跳转至GO Tree 的注释页面，你可以选择自己感 兴趣的GO 条目，在输出中单独显示直方图，默认为选择到第二层次。在 GO 注 释条目中没有对应到的 GO ID 将会在“view error”页面中显示。GO 注释中，每 行代表 GoTree 的一个条目，绿色字体这条 GO 注释对应的基因数 （多样品用 “：”分隔，左面为第一个输入结果，右面为第二个输入结果），基因的百分比（多 样品用“：”分隔，同上），两套输入数据卡方检验的p 值（Pearson Chi-Square 检 验），GO 号及其注释。如果只有一套输入数据，此项被省略，如果三套输入数 据，三列 p 值表示每两对数据间，依次为 1－2 ，1－3，2 －3 。对于卡方检验 p 值部分，期望值小于5 时用Ml代表 meaningless ，Na代表not available ，红色箭 头表示有显著关联（显著水平低于0.05 ）。arrowed 按钮可以用来选择所有显著 关联项。选择完毕，点击plot按钮进入图形修改页面。 图2. GO Tree 的注释结果编辑