棉花纤维发育早期RNA-Seq转录组分析.pdfVIP

CouonScience 棉花学报 2013，25(3)：189-196 棉花纤维发育早期RNA—Seq转录组分析 李锡花1,2，吴嫂2，于霁雯2，张金发2，范术丽2，宋美珍2，庞朝友2，喻树迅2+ (1．西北农林科技大学．陕西杨凌712100；2．中国农业科学院棉花研究所／ 棉花生物学国家重点实验室，河南y-阳455000) 摘要：为了揭示棉花纤维发育早期基因表达变化情况，本研究以纤维长度存在显著差异的两个陆海回交近交 2000对O、3 系NMGA一062(32．58mm)和NMGA．105(27．06mm)为材料，利用IlluminaHiSeqTM DPA(Days bp的 postanthesis)的胚珠及10DPA的纤维进行RNA—Seq测序。六个文库进行拼接，共得到长度大于200 98464个．总长度约为88．2Mb。对10DPA的纤维转录组数据进行差异表达分析，共筛选到1931个差 Unigene 异表达基因，1536个Unigene上调，395个Unigene下调。GO(Geneontology)功能显著性富集和Pathway显著 性富集分析发现，差异表达基因富集在脂质转移活性(Lipidtransportactivity)分子功能组和脂质代谢通路 metabolism (Lipid pathway)，由此推测脂类相关基因可能在纤维伸长发育过程中起重要作用。通过对棉纤维发 育10DPA基因转录水平差异比较分析，为深入开展纤维伸长相关功能基医的克隆和功能验证提供了丰富的 资源．并为揭示棉花纤维伸长的机制{j下了坚买的基础。 关键词：棉纤维发育早期；RNA—Seq；qRT—PCR 中图分类号：$562．035．3文献标志码：A 文章编号：1002—7807(2013)03—0189—08 Fiber of Cotton RNA-Seq AnalysisEarlyDeveloping by Transcriptome LI Mei—zhen2，PANG Xi—hual一，WUMan2，YUJi．wen2，ZHANGJin—fa2，FANShu—li2，SONG Chao—you2，YU Shu—xun2+ ofCotton AF Research，CAAS 712100，China；2．Institute r1．CollegeofAgronomy,NorthwestUniversity,Yangling,Shaanxi ／State ofCoUon KeyLaboratoryBiology,Anyang,Henan455000，China) of fiber libraries de— Abstract：Toobtain into characteristics，six glob