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催化机制 国际象棋和酶都使用策略，国际象棋通过比赛来发展策略，而酶是通过进化来建立酶促反应机制。右边是能够酶切肽键的活性位点，由三个氨基酸残基（化学键是白色）构成。用黑色化学键表示的底物分子如同左边象棋比赛中已经落入圈套的国王，面临被裂解的命运。 酶催化效率和特异性的基础是什么？本章介绍四类酶促反应的机制，包括丝氨酸蛋白酶、碳酸脱水酶、限制性核酸内切酶、和核苷单磷酸激酶。前三类催化的化学反应将水分子加成到底物分子上，第四类酶要避免水分子的加成。经过大量的实验研究（包括蛋白质结构测定、定点突变），这些机制已经清楚。这些酶的机制阐述了很多重要的催化原理。我们将看到，酶采用结合能、诱导匹配、和一些特殊的催化策略，协助底物形成转化态。 每类酶采用的机制就是要解决各种化学反应所面临的问题。丝氨酸蛋白酶的例子是胰凝乳蛋白酶，就是要将缺乏催化剂和pH 7.0不发生的反应(蛋白质水解）进行下去。碳酸脱水酶需要将化学反应加速到能够与其他快速生理过程融合的水平。而限制性内切酶如EcoRV要解决的问题是实现酶切反应的高度特异性。最后一类酶如NMP激酶，要解决的问题是在转移磷酸的过程中，磷酸基团从ATP转移给另一个核苷酸而不会转移到水分子）。选来讲解的酶是各自酶家族的代表性成员。酶家族成员之间比较揭示如何进化产生、优化酶活性位点。酶作用的结构和酶促机理比较能够了解酶的进化史。此外，催化机制知识有实际应用价值，包括开发特异性强的有效抑制剂用作药物。最后，虽然我们没有特别介绍催化RNA分子，但是蛋白质酶所采用的催化原则同样适用于RNA催化剂。 ?H2O复合物丢失一个质子，产生OH?离子。 接近催化。很多酶有两个不同的底物。此时将两种底物置于一个酶分子的同一结合面能显著增加反应速度。NMP激酶将两种核苷酸放置在一块有助于磷酸基团从一个核苷酸转移到另一核苷酸。 金属离子催化。金属离子起催化作用的方式有几种。例如金属离子的配位作用产生OH?离子是亲核试剂。碳酸脱水酶的Zn2+就是起这种作用。此外金属离子本身是亲电试剂，稳定带负电荷的中间体。EcoRV的Mg2+所起的作用就是稳定中间体。最后金属离子也可以作为底物与酶结合的桥梁，增加结合能、将底物置于酶分子合适位置适于催化。NMP激酶以及几乎所有利用ATP作为底物的酶，其金属离子是底物和酶结合的桥梁，负责将底物分子置于酶分子合适位置。 9.1 蛋白酶能促进非常难于发生的反应 生物体内蛋白质转换是一个重要过程（第23章）。已经完成自身任务的蛋白质必须降解，产生的氨基酸能够被回收作为新蛋白质合成的原料。进食获得的蛋白质要消化成氨基酸才能被肠道吸收。另外蛋白质裂解对一些酶和蛋白质活性的调节非常重要。 蛋白酶裂解蛋白质是对蛋白质进行水解，即将水分子加成到一个肽键上： 尽管肽键的水解在热力学上是有利的，但是这种水解反应非常缓慢。没有催化剂，肽键水解的半衰期（在中性pH值）估计是10 ~ 1000年。但是在有些生化过程中，肽键的水解必需在毫秒内完成。 肽键的化学键能与其动力学稳定性有关。肽键的共振结构说明肽键是平面结构，这种结构对水解有抗性。肽键的共振结构使肽键具有部分双键的特征： 由于C-N键具有双键特征，两个原子之间结合力进一步加强。羰基碳原子对亲电攻击的敏感性降低，对亲核攻击的敏感性降低（与其他物质如羧酸酯的羰基碳原子相比）。因此，为了促进肽键裂解，酶能促进亲核基团对肽键碳原子的亲和攻击（正常情况下肽键的羰基碳原子不活泼）。 胰凝乳蛋白酶具有高度活泼的丝氨酸 一些蛋白酶参与哺乳动物和其他生物消化道的蛋白质水解。胰凝乳蛋白酶就是一种这样的蛋白酶，它能选择性断裂大的疏水氨基酸（如色氨酸、酪氨酸、苯丙氨酸和甲硫氨酸）C-端肽键（图9.1）。胰凝乳蛋白酶是共价催化的例子。酶利用强亲核基团攻击底物不活泼羰基碳原子。在催化过程中，亲核基团与底物暂时性共价交联。 那么，攻击底物羰基的亲核试剂是什么？胰凝乳蛋白酶有一个活泼的丝氨酸残基，用DIPF处理使胰凝乳蛋白酶活性不可逆丧失（图9.2）。DIPF处理只修饰195位丝氨酸。该化学修饰提示这个活泼的丝氨酸在胰凝乳蛋白酶催化过程中起关键作用。 图9.1 胰凝乳蛋白酶的特异性。胰凝乳蛋白酶裂解芳香氨基酸或大的疏水氨基酸（已经用桔色涂出）C-端肽键（用红色标出）。 图9.2 胰凝乳蛋白酶有一个很活泼的丝氨酸。用DIPF处理，胰凝乳蛋白酶分子28个丝氨酸残基中195位丝氨酸与DIPF反应，导致胰凝乳蛋白酶失活。 经过两步共价连接的中间物，胰凝乳蛋白酶催化蛋白质裂解 酶促动力学研究给胰凝乳蛋白酶促反应机制提供了另一个线索。用那些产物有颜色的底物类似物易于进行酶动力学检测。例如，胰凝乳蛋白酶动力学检测的颜色底物是N-乙酰-L-苯丙氨酸-p-硝基苯酚酯。这个物质是酯（不是酰胺键），但是很多蛋白酶能