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单核苷酸多态性研究进展 主讲：张道军 概述 1.背景简介 2.端粒酶逆转录酶基因单核苷酸部分位点多态性 3.肺癌相关单核苷酸多态性的研究 4.宿主基因单核苷酸多态性与幽门螺杆菌相关胃癌 5.人类基因组单体型图计划 1.背景简介 什么是多态性？ 通俗的说，多态性就是多种表现形式，具体来说，可以用“一个对外接口，多个内在实现方法”表示。 在生命科学的领域中，可定义为：有两种或两种以上的存在形式。如：①生物体在其生命周期中的不同形式；②遗传多态性发生于基因组群体，表现出由于等位基因受影响而产生不同的基因型，由此形成个体之间的多态性。 单核苷酸多态性 单核苷酸多态性： 定义一:就是指个体间基因组DNA序列同一位置单个核苷酸变异(替代、插入或缺失)所引起的多态性。 定义二 ：同一物种不同个体基因组DNA的等位序列上单个核苷酸存在差别的现象。 单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism，SNP),主要是指在基因组水平上由单个核苷酸的变异所引起的DNA序列多态性。它是人类可遗传的变异中最常见的一种。占所有已知多态性的90%以上。 SNP所表现的多态性只涉及到单个碱基的变异，这种变异可由单个碱基的转换(transition)或颠换(transversion)所引起，也可由碱基的插入或缺失所致。但通常所说的SNP并不包括后两种情况。 从对生物的遗传性状的影响上来看，cSNP又可分为2种：一种是同义cSNP (synonymous cSNP),即SNP所致的编码序列的改变并不影响其所翻译的蛋白质的氨基酸序列，突变碱基与未突变碱基的含义相同； 另一种是 非同义 cSNP(non-synonymous cSNP),指碱基序列的改变可使以其为蓝本翻译的蛋白质序列发生改变，从而影响了蛋白质的功能。这种改变常是导致生物性状改变的直接原因。cSNP中约有一半为非同义cSNP。 SNP数量多 分布广泛 　据估计，人类基因组中每1000个核苷酸就有一个SNP，人类30亿碱基中共有300万以上的SNPs。SNP 遍布于整个人类基因组中，根据SNP在基因中的位置，可分为基因编码区SNPs（Coding-region SNPs，cSNPs）、基因周边SNPs（Perigenic SNPs，pSNPs）以及基因间SNPs（Intergenic SNPs，iSNPs）等三类。 SNP适于快速、规模化筛查 组成DNA的碱基虽然有4种，但SNP一般只有两种碱基组成，所以它是一种二态的标记，即二等位基因（biallelic）。 由于SNP的二态性，非此即彼，在基因组筛选中SNPs往往只需+/-的分析，而不用分析片段的长度，这就利于发展自动化技术的筛选或检测SNPs。 2.端粒酶逆转录酶基因单核苷酸部分位点多态性可能增加罹患肝癌和肝癌转移的风险 端粒酶逆转录酶（hTERT）基因是端粒酶的核心组成，已经证实其在癌症的发生发展过程中具有重要作用。许多研究认为SNP与疾病发病风险相关。hTERT 基因单核苷酸多态性（SNP）与多种疾病有关，如膀胱癌，肺腺癌,乳腺癌等等，甚至增加了肺癌的易感性. hTERT启动子区域的SNP可能与非小细胞肺癌的形成有关。Park 等发现肝癌形成过程中有端粒酶激活表达。但hTERTSNP在肝癌转移中是否具有作用尚不明确。通过对原发性肝癌及肝癌转移患者hTERT单核苷酸多态性的分布进行调查，探索其在肝癌转移中的潜在作用。 方法: 选取全血样本和血清样本，290例男性样本诊断明确，分组如下，原发性肝癌组162例，原发性肝癌合并转移组22例，对照组106例。采用美国Beckman公司的超高通量液相芯片SNP基因分型系统SNPStream 进行测定对基因进行分型。 结果: rs2853690 和r两个位点具有统计学差异。等位基因频率分析中，r和rs6554743 C和T等位基因间存在统计学差异。r等位基因频率和携带率分析中具有统计学差异，在肝癌和肝癌转移中比例较高。 结论: 本研究发现hTERT部分位点多态性可能增加罹患肝癌和肝癌转移的风险， 3.肺癌相关单核苷酸多态性的研究 肺癌同多数肿瘤一样，不表现为典型的孟德尔式遗传，而是表现为微效基因的累加效应，即多基因遗传模式。 单核苷酸多态性（single neucleotide polymorphism, SNP）是第三代遗传标志，已经被广泛地应用于肺癌的数量性状位点（quantitative trait loci, QTL）定位，并发现了大量相关多态性位点。. 谢谢！ * 肺癌是一种典型的环境相关疾病，吸烟、环境污