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群体进化GBS（有参）项目结题报告模版
北京诺禾致源科技股份有限公司
Novogene Bioinformatics Technology Co.,Ltd.
合同编号：XXXXXX
群体进化 GBS （有参 ）项目
结题报告模版
北京诺禾致源科技股份有限公司
20xx 年 x 月 x 日
1
北京诺禾致源科技股份有限公司
Novogene Bioinformatics Technology Co.,Ltd.
目 录
一、项目概况 3
1.1 GBS 技术路线 3
1.2 项目分析内容 3
1.3 分析结果摘要 4
1.4 重要名词及术语 4
二、项目流程 4
2.1 实验设计 4
2.2 文库构建及测序 5
2.3 信息分析流程 5
三、信息分析方法和结果 6
3.1 测序数据统计及质控 6
3.1.1 测序质量分布检查 6
3.1.2 测序错误率分布检查 7
3.1.3 测序数据过滤 8
3.1.4 测序数据质量情况汇总 9
3.1.5 测序数据质控小结 10
3.2 比对分析 10
3.2.1 参考基因组基本情况统计 10
3.2.2 Reads 与参考基因组比对情况 10
3.2.3 比对分析结果小结 11
3.3 群体 SNP 检测及注释 11
3.4 群体遗传结构分析 12
3.4.1 系统进化树分析 12
3.4.2 群体主成分分析 13
3.4.3 群体遗传结构 14
3.5 群体遗传多样性分析 15
3.5.1 杂合度分析 16
3.5.2 核苷酸多样性 （π）分析 16
3.5.3 分子方差分析（AMOVA ） 17
四、文件格式说明 18
4.1 交文件列表 18
4.2 文件格式说明 18
五、参考文献 20
2
北京诺禾致源科技股份有限公司
Novogene Bioinformatics Technology Co.,Ltd.
一、项目概况
1.1 GBS 技术路线
GBS (Genotyping-by-sequencing)技术指通过测序进行基因分型，通过选取合适的限制性内切酶
结合高通量群体测序构建 SNP 分子标记，可用于分子标记开发、群体遗传分析等领域。
GBS 进行群体遗传分析，主要包括三个部分：
1）实验部分：电子酶切评估，根据物种、科研目的选择合适内切酶，样本检测合格后建库，
进行 Illumina HiSeq PE150 测序；
2 ）标准信息分析：原始测序数据经过基本质控后，与参考基因组进行比对，群体 SNP 检测及
注释。
3 ）高级信息分析：群体遗传结构分析（Tree 、PCA 、Structure ），遗传多样性分析（Ho 、He、
π和分子方差分析）。
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