介电常数及酸性氨基酸对蛋白质中精氨酸—精氨酸二聚体稳定性影响的研究.pdfVIP

中文摘要 本论文通过对蛋白质数据库（PDB）的统计，发现精氨酸-精氨酸二聚体碳… 碳（CZ…CZ）作用距离在 5Å 之内的蛋白质占数据库的 1/3。这种看似违背常理 却普遍存在的，带同种正电荷的精氨酸-精氨酸二聚体引起了我们的注意。本文 对它们在蛋白质数据库中的出现进行了系统的调查和分析，并且对它们稳定存在 的原因进行了相关计算和研究。 1. 蛋白质数据库（PDB）的统计 在PDB数据库中，我们选择分辨率为2.0Å以及更好的蛋白结构作为研究对象。 我们把两个精氨酸残基碳…碳（CZ…CZ）作用距离在5Å之内的称作精氨酸-精氨 酸二聚体。考虑到 PDB 数据库的冗余性，我们使用 Dunbrack 实验室的 6344 条 蛋白质链的非冗余数据库进行了进一步分析，发现 25.2%（1599/6344）的非冗 余蛋白质结构中含有一对或者一对以上精氨酸-精氨酸二聚体。说明精氨酸-精氨 酸二聚体在蛋白质中普遍存在。在对PDB数据库精氨酸-精氨酸二聚体的统计中， 我们发现所有的精氨酸-精氨酸二聚体都位于由不同基团构成的极性环境中。构 成极性环境的基团有酸性氨基酸、水分子，以及结合位点附近的强极性的、可极 化的基团，合位点附近的带负电的