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利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因.pdf
CottonScience
棉花学报 2013,25(4):300-308
利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因
南文智他,吴嫒2,于霁雯2,范术丽2,黄双领2,李兴丽21张红卫2张金发2,喻树迅1P
(1.西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;2.中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室,
河南安阳455000)
靶基因来调控植物生长发育等过程。试验利用在纤维长度上有显著差异的2个回交自交系BILs(Backcross
anthesis)、3
inbredlines)的0DPA(Dayspost
测序。以已公布的棉花D,基因组序列和棉属其他序列为参考,经分析共发现561个miRNAs,其中包括254个
and
KEGG(Kyotoencyclopediaofgenesgenomes)注释结果表明miRNA的靶基因在植物激素代谢途径申显著
富集。
关键词:棉花miRNA;高通量测序;棉花D5基因组;靶基因预测
中图分类号:$562.035-3文献标志码:A
文章编号:1 1
002—7807(203)04.0300—09
IdentificationofCottonmicroRNAsandTheir
TargetsbyHigh·Throughput
NAN
Wen—zhil一,WUMan2,YUJi—wen2,FANShu-li2,HUANGShuang—lin92,LI
Shu-xunl≯
Hong—wei2,ZHANGJin-fa2,YU
Bi—
ofCotton
712100,China;2.StateKeyLaboratory
(1.CollegeofAgronomy,NorthwestAFUniversity,Yanglm岛Shannxi
ofCottonResearch
ology,Institute ofCAAS,Anyang,Henan455000,China)
21—24nt smallRNAsthat rolesin
Abstract:miRNAs(microRNAs)arenon-protein-codingplayimportantcontrollingplant
and mRNA ortranslationalinhibition.Inthis constructedlibrariesUS-
growthdevelopmentbydirectingtarget cleavage study,we
ovulescollectedat0 3 fiberscollectedat10 two backcross
ing DPA(dayspostanthesis)andDPA,and DPA,frominterspecific
inbred librarieswere and were differencesinfiber betweenthe
lines(BILs).Thesequencedanalyzed.Theresignificant length
with
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