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利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因.pdf

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利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因.pdf

CottonScience 棉花学报 2013,25(4):300-308 利用高通量测序技术鉴定棉纤维发育相关miRNAs及其靶基因 南文智他,吴嫒2,于霁雯2,范术丽2,黄双领2,李兴丽21张红卫2张金发2,喻树迅1P (1.西北农林科技大学农学院,陕西杨凌712100;2.中国农业科学院棉花研究所/棉花生物学国家重点实验室, 河南安阳455000) 靶基因来调控植物生长发育等过程。试验利用在纤维长度上有显著差异的2个回交自交系BILs(Backcross anthesis)、3 inbredlines)的0DPA(Dayspost 测序。以已公布的棉花D,基因组序列和棉属其他序列为参考,经分析共发现561个miRNAs,其中包括254个 and KEGG(Kyotoencyclopediaofgenesgenomes)注释结果表明miRNA的靶基因在植物激素代谢途径申显著 富集。 关键词:棉花miRNA;高通量测序;棉花D5基因组;靶基因预测 中图分类号:$562.035-3文献标志码:A 文章编号:1 1 002—7807(203)04.0300—09 IdentificationofCottonmicroRNAsandTheir TargetsbyHigh·Throughput NAN Wen—zhil一,WUMan2,YUJi—wen2,FANShu-li2,HUANGShuang—lin92,LI Shu-xunl≯ Hong—wei2,ZHANGJin-fa2,YU Bi— ofCotton 712100,China;2.StateKeyLaboratory (1.CollegeofAgronomy,NorthwestAFUniversity,Yanglm岛Shannxi ofCottonResearch ology,Institute ofCAAS,Anyang,Henan455000,China) 21—24nt smallRNAsthat rolesin Abstract:miRNAs(microRNAs)arenon-protein-codingplayimportantcontrollingplant and mRNA ortranslationalinhibition.Inthis constructedlibrariesUS- growthdevelopmentbydirectingtarget cleavage study,we ovulescollectedat0 3 fiberscollectedat10 two backcross ing DPA(dayspostanthesis)andDPA,and DPA,frominterspecific inbred librarieswere and were differencesinfiber betweenthe lines(BILs).Thesequencedanalyzed.Theresignificant length with

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