果树全基因组测序研究进展.pdf

园 艺 学 报 2014 ，41 （1）：165 –177 http: // www. ahs. ac. cn Acta Horticulturae Sinica E-mail: yuanyixuebao@126.com 果树全基因组测序研究进展 乔 鑫，李 梦，殷 豪，李雷廷，吴 俊，张绍铃* （南京农业大学梨工程技术研究中心，南京 210095 ） 摘 要：回顾了葡萄、番木瓜、苹果、香蕉、梨、甜橙等 10 种果树的全基因组测序的发展历程，基 于全基因组测序结果探讨了不同果树的起源进化，并对果树全基因组测序的后续研究进行了概述，进一 步讨论了果树全基因组测序面临的挑战以及今后的研究重点。 关键词：果树；全基因组测序；基因组学；进化 中图分类号：S 66 文献标志码：A 文章编号：0513-353X （2014 ）01-0165-13 Advances on Whole Genome Sequencing in Fruit Trees * QIAO Xin，LI Meng ，YIN Hao ，LI Lei-ting ，WU Jun ，and ZHANG Shao-ling （Centre of Pear Engineering Technology Research，Nanjing Agricultural University ，Nanjing 210095 ，China） Abstract ：At present ，10 complete genome sequences are available for fruit trees such as grape， papaya ，apple，banana ，pear and sweet orange. In this review ，we first surveyed the historical development of genomic sequence of fruit trees. Then we investigated the evolution history of fruit trees ，and summarized the progress of fruit trees post-genomic research. Challenges in genomics for fruit trees are raised and the future of post-genomics research interests in fruit trees was discussed in the end. Key words ：fruit trees；whole genome sequencing ；genomics ；evolution 自2007 年葡萄（Vitis vinifera）基因组测序完成以来，已有 10 种果树的全基因组测序工作相继 完成。果树全基因组测序有望从基因组层面上突破传统分子生物学的研究瓶颈，可以根据全基因组 序列，利用分子生物学及生物工程技术手段研究基因的功能，为进一步解析重要农艺性状提供良好 的基因组数据平台，同时也将为培育高产、优质和抗病的果树新品种奠定坚实基础，推动果树基因 组学研究进入一个新时代。本文中回顾了果树全基因组测序的发展历程，并结合果树全基因组测序 结果探讨了不同果树的起源与进化，对果树全基因组测序的后续研究进行了概述，讨论了果树全基 因组测序面临的挑战以及今后的研究重点。 1 果树全基因组测序及树种起源研究 1.1 测序技术的发展 20 世纪 90 年代早期，随着自动化测序技术的发展，以双脱氧链终止法为核心的 Sanger 测序技 收稿日期：2013 –07 –15；修回日期：2013 –12 –11 基金项目：南京农业大学青年科技创新基金项目（KJ2013014 ）；国家自然科学基金青年科学基金项目）；南京农业大学科研 启动费项目；江苏省农业科技自主创新资金项目[CX （11）1013] * 通信作者 Author for cor