葡萄DELLA 家族成员VvRGA 和VvRGL1 的预测, 验证及生物信息学分析.pdfVIP

摇 南京农业大学学报摇 2013,36(3):15-21 http:/ / 摇 Journal of NanjingAgricultural University doi:10.7685/ j.issn.1000-2030.2013.03.003 試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試試 任国慧,上官凌飞,房经贵,等.葡萄 DELLA 家族成员 VvRGA 和 VvRGL1 的预测、验证及生物信息学分析[J].南京农业大学学报,2013, 36(3):15-21 葡萄DELLA家族成员 VvRGA 和 VvRGL1 的 预测、验证及生物信息学分析 * 任国慧,上官凌飞,房经贵 ,慕茜,冷翔鹏,孙欣 (南京农业大学园艺学院,江苏 南京210095) 摘要:利用生物信息学工具,将拟南芥DELLA 相关基因序列作为靶序列,在葡萄基因组序列预测出2 条DELLA 相关基因 (序列号为GSVIVT00030538001和GSVIVT00032990001),并进行克隆测序验证和生物信息学分析。 经比对发现,它们分别 与拟南芥RGA 和RGL1相似度较高,为63.59%和51.28%,故分别将其命名为VvRGA 和VvRGL1,并进一步对其氨基酸组成 成分、理化性质及二级和三级结构进行初步分析。 结果表明:VvRGA 和 VvRGL1均具有保守的GRAS结构域和DELLA结构 域;它们与拟南芥相关基因在氨基酸数目和氨基酸序列间的疏水性很相似,但存在一定的差异;两者的二级结构都主要以 琢-螺旋和随机卷曲为主,琢-螺旋所占比例分别为47.98%和50.52%,随机卷曲所占比例分别为38.77%和35.28%;三级 结构十分相似,仅琢-螺旋和茁-折叠数目不同。 关键词:葡萄;VvRGA;VvRGL1;基因预测;验证;分析 中图分类号:S663.1摇 摇 摇 摇 文献标志码:A摇 摇 摇 摇 文章编号:1000-2030(2013)03-0015-07 The prediction,validation and bioinformatics analysis of the grape DELLA family members about VvRGA and VvRGL1 * REN Guohui,SHANGGUAN Lingfei,FANGJinggui ,MU Qian,LENG Xiangpeng,SUN Xin (College of Horticulture,Nanjing Agricultural University,Nanjing210095,China) Abstract:In this study,bioinformatics tools were used to make the Arabidopsis DELLA gene sequence as the target sequence to predict2 DELLA genes(the sequence number are GSVIVP00030538001and GSVIVP00032990001)in the grape genome sequence, and they were then cloned and sequenced for validation and the bioinformatics analysis was done.After comparing the sequenced result with the related genes of Arabid