甲基化腺嘌呤与碱基相互作用及其荧光探针分子的设计.pdfVIP

摘 要 摘 要 6 N6- 甲基腺嘌呤(m A)是一种甲基化修饰碱基，广泛存在于细菌、原核生物和低等真 核生物中，它在生物体中有着非常重要的生物学功能。但是在高等动物中，尤其是哺乳 动物中是否存在还未被检测出来。它可以与正常碱基发生错配，从而改变碱基间氢键的 作用模式，使DNA 的二级结构发生了改变，降低了DNA 的稳定性。因此研究N6- 甲基 腺嘌呤和DNA 碱基相互作用，以及设计新型荧光探针分子用于检测N6- 甲基腺嘌呤具 有重要的意义。本论文应用量子化学对其相互作用本质及其检测原理进行了系统的分析。 主要内容如下： 应用了MP2 的理论方法，研究了气相和水溶液中N6- 甲基腺嘌呤和正常DNA 碱基 的相互作用，结果表明N-CH3 改变了氢键的作用方式，它不仅可以和胸腺嘧啶配对，还 可能和其它的正常碱基发生错配，降低了DNA 的稳定性。并且应用了AIM 理论、NBO 分析和 WBI 键级研究了氢键的性质，氢键的性质主要从二阶稳定化能、电子密度拓扑 性质和 WBI 键级来分析，同时考察了几何构型、氢键强弱、相互作用能之间的关系。 6 6 碱基对trans-m A:G 和trans-m A:C 的相互作用能最小，所以它们是最稳定的，这说明了 6 6 6 m A 易与G 和C 发生错配，正常DNA 碱基优先和trans-m A 配对。此外，和m A 配对 增大了正常碱基对的相互作用能，这在理论上解释了N6 位甲基化 DNA 的不稳定性， 溶剂化效应能更显著地降低碱基对的稳定性。 设计了6 种用于检测N6- 甲基腺嘌呤的荧光探针分子 (BF、xBF 、yyBF 、J-AT 、xJ-AT 和yyJ-AT) ，在B3LYP 水平上，对荧光碱基类似物与腺嘌呤和N6- 甲基腺嘌呤的相互作 用进行了研究，并利用AIM 理论和NBO 分析确定碱基对的氢键作用方式和能力。结果 表明新设计的这几种碱基类似物保留了原有碱基对的氢键作用方式和稳定性。 利用CIS 和TD-DFT 方法研究了这些新型碱基类似物的吸收光谱和发射光谱，结果 表明经过扩萘环(yyBF 和yyJ-AT)和苯环(xBF 和xJ-AT) 的碱基类似物有了更大的共轭体 系，其吸收光谱和发射光谱均发生了红移。对这6 种荧光碱基类似物与腺嘌呤和N6- 甲 基腺嘌呤相互作用后的电子光谱性质进行了研究，从理论上判断这些碱基类似物是否适 合用于检测N6- 甲基腺嘌呤。通过对碱基对的吸收光谱和发射光谱的研究发现，虽然扩 萘环的碱基对(yyBF 和yyJ-AT)有更强的荧光，但是由于其和单体的最大荧光波长一致， 所以不适合应用于检测腺嘌呤甲基化，而扩苯环和未扩环的碱基不仅具有较强的荧光， 而且它们与腺嘌呤和N6- 甲基腺嘌呤作用后的荧光波长改变很大，因而从理论说适合用 于N6- 甲基腺嘌呤的检测，其中苯扩环的荧光探针分子优于不扩环的，更适合用于检测 6 m A 。 关键字：N6- 甲基腺嘌呤；DNA 碱基；荧光探针分子；相互作用；电子光谱 I Abstract Abstract 6 N6-methyladenine(m A) is a modified bases which is methylated, widely found in bacteria, prokaryotes and lower eukaryotes, it plays an important role in living organisms.